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- PDB-1xhs: Solution NMR Structure of Protein ytfP from Escherichia coli. Nor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xhs
タイトルSolution NMR Structure of Protein ytfP from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics Consortium Target ER111.
要素Hypothetical UPF0131 protein ytfP
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ER111 / AUTOSTRUCTURE / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


Gamma-glutamylcyclotransferase, AIG2-like domain / Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Hypothetical upf0131 protein ytfp / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-glutamylcyclotransferase family protein YtfP / Gamma-glutamylcyclotransferase family protein YtfP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Aramini, J.M. / Huang, Y.J. / Swapna, G.V.T. / Paranji, R.K. / Xiao, R. / Shastry, R. / Acton, T.B. / Cort, J.R. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Solution NMR structure of Escherichia coli ytfP expands the structural coverage of the UPF0131 protein domain family.
著者: Aramini, J.M. / Huang, Y.J. / Swapna, G.V. / Cort, J.R. / Rajan, P.K. / Xiao, R. / Shastry, R. / Acton, T.B. / Liu, J. / Rost, B. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2004年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月23日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_nmr_software.name / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0131 protein ytfP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9531
ポリマ－13,9531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 56LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical UPF0131 protein ytfP


分子量: 13952.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ytfP / プラスミド: ER111-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21MGK / 参照: UniProt: P39323, UniProt: P0AE48*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1213D 13C-SEPARATED NOESY
1314D 13C- SEPARATED NOESY
141HNHA
151HIGH RESOLUTION CH-HSQC
161BACKBONE TR EXPTS
171TOCSYS
181(H)CCH COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. AUTOMATIC BACKBONE ASSIGNMENTS WERE MADE USING AUTOASSIGN. MANUAL SIDE CHAIN ASSIGNMENTS. AUTOMATIC NOESY ASSIGNMENTS AS ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. AUTOMATIC BACKBONE ASSIGNMENTS WERE MADE USING AUTOASSIGN. MANUAL SIDE CHAIN ASSIGNMENTS. AUTOMATIC NOESY ASSIGNMENTS AS WELL AS DISTANCE AND HYDROGEN BOND CONSTRAINTS WERE DETERMINED USING AUTOSTRUCTURE. DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS WERE DETERMINED USING HYPER AND TALOS.Completeness of NMR assignments: backbone, 97%; side chain, 91%; stereospecific methyl, 100%. Final structure quality factors for the ensemble, where ordered residues [S(PHI) + S(PSI) > 1.8] comprise 1-5,9-10,17-18,23-38,41-70,76-85,88-93,101-104,106-108: (a) RMSD for ordered residues: BB, 0.7; heavy atom, 1.2. (b) Ramachandran statistics for ordered residues: most favored: 89.9%; additionally allowed: 10.1%; generously allowed, 0.0%; disallowed, 0.0% (c) Procheck scores for ordered residues (raw/Z-): BB, -0.53/-1.77; all, -0.49/-2.90. (d) MAGE Molprobity clash score (raw/Z-): 28.47/-3.36. (e) RPF scores for goodness of fit to NOESY data: F-measure, 0.916; Recall, 0.962; Precision, 0.874; DP-score, 0.791.

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試料調製

詳細内容: 1.3 MM ER111 U-13C,15N 20MM NH4OAC, 5MM CACL2, 10MM DTT, 0.02% NAN3, 5% D2O, 95% H2O; 1.3 MM ER111 U-13C,15N 20MM NH4OAC, 5MM CACL2, 10MM DTT, 0.02% NAN3,100% D2O; 1.1 MM ER111 U-15N,5% 13C ...内容: 1.3 MM ER111 U-13C,15N 20MM NH4OAC, 5MM CACL2, 10MM DTT, 0.02% NAN3, 5% D2O, 95% H2O; 1.3 MM ER111 U-13C,15N 20MM NH4OAC, 5MM CACL2, 10MM DTT, 0.02% NAN3,100% D2O; 1.1 MM ER111 U-15N,5% 13C 20MM NH4OAC, 5MM CACL2, 10MM DTT, 0.02% NAN3, 5% D2O, 95% H2O
試料状態イオン強度: 100 mM NACL / pH: 5.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AUTOSTUCTURE2.1.0精密化
X-PLOR2.0.6精密化
CNS1.1精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
AUTOSTRUCTURE 2.1.0, XPLOR-NIH 2.0.6, CNS1.1HUANG, MONTELIONE (AUTOSTRUCTURE), SCHWIETERS, CLORE (XPLOR-NIH), BRUNGER (CNS)精密化
VNMR6.1C構造決定
PSVS1構造決定
NMRPipe2.3構造決定
Sparky3.91構造決定
AutoAssign1.14構造決定
HYPER3.2構造決定
PdbStat3.27構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1717 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 211 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 68 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (17.2 CONSTRAINTS ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1717 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 211 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 68 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (17.2 CONSTRAINTS PER RESIDUE; 6.9 LONG-RANGE CONSTRAINTS PER RESIDUE). STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING AUTOSTRUCTURE (XPLOR). THE 10 LOWEST ENERGY STRUCTURES WERE FURTHER REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS).
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 56 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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