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- PDB-1xgk: CRYSTAL STRUCTURE OF N12G AND A18G MUTANT NMRA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xgk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF N12G AND A18G MUTANT NMRA
要素NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
キーワードTRANSCRIPTION / ROSSMANN FOLD / TRANSCRIPTIONAL REGULATION / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / REDUCTASE / NADP BINDING / NMRA
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter / nitrogen catabolite repression of transcription / regulation of nitrogen utilization / NADP+ binding / NAD+ binding / NAD binding / oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Nitrogen metabolite repression protein nmrA / Nitrogen metabolite repression protein nmrA
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lamb, H.K. / Ren, J. / Park, A. / Johnson, C. / Leslie, K. / Cocklin, S. / Thompson, P. / Mee, C. / Cooper, A. / Stammers, D.K. / Hawkins, A.R.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Modulation of the ligand binding properties of the transcription repressor NmrA by GATA-containing DNA and site-directed mutagenesis
著者: Lamb, H.K. / Ren, J. / Park, A. / Johnson, C. / Leslie, K. / Cocklin, S. / Thompson, P. / Mee, C. / Cooper, A. / Stammers, D.K. / Hawkins, A.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Negative Transcriptional Regulator Nmra Discriminates between Oxidized and Reduced Dinucleotides
著者: Lamb, H.K. / Leslie, K. / Dodds, A.L. / Nutley, M. / Cooper, A. / Johnson, C. / Thompson, P. / Stammers, D.K. / Hawkins, A.R.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: The Structure of the Negative Transcriptional Regulator Nmra Reveals a Structural Superfamily which Includes the Short-Chain Dehydrogenase/Reductases
著者: Stammers, D.K. / Ren, J. / Leslie, K. / Nichols, C.E. / Lamb, H.K. / Cocklin, S. / Dodds, A. / Hawkins, A.R.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Expression, Purification and Crystallization of Aspergillus Nidulans Nmra, a Negative Regulatory Protein Involved in Nitrogen-Metabolite Repression
著者: Nichols, C.E. / Cocklin, S. / Dodds, A. / Ren, J. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.
履歴
登録2004年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,28512
ポリマ－38,7641
非ポリマー52111
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.610, 76.610, 103.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA


分子量: 38764.164 Da / 分子数: 1 / 変異: N12G, A18G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / 遺伝子: NMRA / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23 DE3 / 参照: UniProt: O59919, UniProt: Q5AU62*PLUS

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非ポリマー , 5種, 604分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: KCL, K/NA DIHYDROGEN PHOSPHATE,TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9323 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→25 Å / Num. obs: 69599 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6649 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1k6i

1k6i


解像度: 1.4→24.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1744021.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 3534 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 69565 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.0789 Å2 / ksol: 0.371527 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.96 Å2-0.68 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---3.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 20 593 3183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.474
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.578
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.548
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.2516
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 350 5.3 %
Rwork0.325 6293 -
obs--96.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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