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- PDB-1xg0: High resolution crystal structure of phycoerythrin 545 from the m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xg0
タイトルHigh resolution crystal structure of phycoerythrin 545 from the marine cryptophyte rhodomonas CS24
要素
  • (Phycoerythrin alpha- ...) x 2
  • B-phycoerythrin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHYCOERYTHRIN / LIGHT-HARVESTING PROTEIN / CRYPTOPHYTE
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit ...Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Globin-like / Globin-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
15,16-DIHYDROBILIVERDIN / PHYCOERYTHROBILIN / B-phycoerythrin beta chain / Phycoerythrin alpha-2 chain, chloroplastic / Phycoerythrin alpha-3 chain, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodomonas sp. CS24 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Doust, A.B. / Marai, C.N.J. / Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G. / Scholes, G.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Developing a structure-function model for the cryptophyte phycoerythrin 545 using ultrahigh resolution crystallography and ultrafast laser spectroscopy
著者: Doust, A.B. / Marai, C.N.J. / Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G. / Scholes, G.D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1999
タイトル: Evolution of a light-harvesting protein by addition of new subunits and rearrangement of conserved elements: crystal structure of a cryptophyte phycoerythrin at 1.63-A resolution
著者: Wilk, K.E. / Harrop, S.J. / Jankova, L. / Edler, D. / Keenan, G. / Sharples, F. / Hiller, R.G. / Curmi, P.M.G.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Phycobilins of cryptophycean algae. Occurrence of dihydrobiliverdin and mesobiliverdin in cryptomonad biliproteins
著者: Wedemayer, G.J. / Kidd, D.G. / Wemmer, D.E. / Glazer, A.N.
履歴
登録2004年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycoerythrin alpha-3 chain
B: Phycoerythrin alpha-2 chain
C: B-phycoerythrin beta chain
D: B-phycoerythrin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,02615
ポリマ－52,2404
非ポリマー4,78611
水18,9521052
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22560 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.980, 82.764, 89.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The Biological assembly is alpha1 aplha2 beta beta hetrodimer.

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要素

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Phycoerythrin alpha- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phycoerythrin alpha-3 chain / cryptophytan phycoerythrin (alpha-1 chain)


分子量: 8135.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) / 株: CS 24 / 参照: UniProt: Q00433
#2: タンパク質 Phycoerythrin alpha-2 chain / cryptophytan phycoerythrin (alpha-2 chain)


分子量: 7027.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) / 株: CS 24 / 参照: UniProt: P30943

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タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 B-phycoerythrin beta chain / cryptophytan phycoerythrin (beta chain)


分子量: 18539.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) / 株: CS 24 / 参照: UniProt: P27198

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非ポリマー , 5種, 1063分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DBV / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1052 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.966→60.86 Å / Num. all: 270473 / Num. obs: 249226 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 5.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 0.966→1.02 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 82.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QGW

1qgw


解像度: 0.97→60.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.455 / SU ML: 0.011 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.017 / ESU R Free: 0.019 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12598 7580 3 %RANDOM
Rwork0.10669 ---
all0.10727 241569 --
obs0.10727 241569 89.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→60.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3727 0 359 1040 5126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8092.0735672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg138682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6555539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03725.299134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.88115677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9171518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.23824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21950
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.00552699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.12351047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.56454045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.19871721
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.975101596
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.52838382
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.55331040
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.8337771
LS精密化 シェル解像度: 0.966→0.978 Å / Total num. of bins used: 40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 251 -
Rwork0.261 7680 -
obs--77.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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