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- PDB-1xed: Crystal Structure of a Ligand-Binding Domain of the Human Polymer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xed
タイトルCrystal Structure of a Ligand-Binding Domain of the Human Polymeric Ig Receptor, pIgR
要素Polymeric-immunoglobulin receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor signaling pathway / secretory IgA immunoglobulin complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / azurophil granule membrane / receptor clustering / epidermal growth factor receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity ...polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor signaling pathway / secretory IgA immunoglobulin complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / azurophil granule membrane / receptor clustering / epidermal growth factor receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / receptor complex / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymeric immunoglobulin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hamburger, A.E. / West Jr., A.P. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of a Polymeric Immunoglobulin Binding Fragment of the Human Polymeric Immunoglobulin Receptor
著者: Hamburger, A.E. / West Jr., A.P. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2004年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymeric-immunoglobulin receptor
B: Polymeric-immunoglobulin receptor
C: Polymeric-immunoglobulin receptor
D: Polymeric-immunoglobulin receptor
E: Polymeric-immunoglobulin receptor
F: Polymeric-immunoglobulin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7998
ポリマ－77,7506
非ポリマー492
水2,846158
1
A: Polymeric-immunoglobulin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9832
ポリマ－12,9581
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polymeric-immunoglobulin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9832
ポリマ－12,9581
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Polymeric-immunoglobulin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9581
ポリマ－12,9581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Polymeric-immunoglobulin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9581
ポリマ－12,9581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Polymeric-immunoglobulin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9581
ポリマ－12,9581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Polymeric-immunoglobulin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9581
ポリマ－12,9581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
A: Polymeric-immunoglobulin receptor
B: Polymeric-immunoglobulin receptor
C: Polymeric-immunoglobulin receptor
D: Polymeric-immunoglobulin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8826
ポリマ－51,8334
非ポリマー492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
8
B: Polymeric-immunoglobulin receptor
D: Polymeric-immunoglobulin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9413
ポリマ－25,9172
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
9
A: Polymeric-immunoglobulin receptor
C: Polymeric-immunoglobulin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9413
ポリマ－25,9172
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.996, 157.195, 53.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is a monomer

-
要素

#1: タンパク質
Polymeric-immunoglobulin receptor / Poly-Ig receptor / PIGR / Ig-like V-type 1 Domain


分子量: 12958.354 Da / 分子数: 6 / 断片: N-Terminal Domain I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIGR / プラスミド: pET20b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3) / 参照: UniProt: P01833
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Magnesium acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.078
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 49755 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
DENZOデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: REFINED USING CNS HEMIHEDRAL TWINNING INPUT FILES TWIN FRACTION = 37.3% TWIN OPERATOR = H, K,L -> H, -K, -H-L
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.244 2476 THIN SHELL
Rwork0.183 --
obs0.183 49593 -
all-49755 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4988 0 2 158 5148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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