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- PDB-1xdp: Crystal Structure of the E.coli Polyphosphate Kinase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdp
タイトルCrystal Structure of the E.coli Polyphosphate Kinase in complex with AMPPNP
要素Polyphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / E.coli polyphosphate kinase / PPK / PPK complex with AMPPNP / AMPPNP
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphotransferase activity / polyphosphate kinase complex / polyphosphate:AMP phosphotransferase activity / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / periplasmic side of cell outer membrane / polyphosphate kinase activity / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / protein homodimerization activity / ATP binding ...diphosphotransferase activity / polyphosphate kinase complex / polyphosphate:AMP phosphotransferase activity / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / periplasmic side of cell outer membrane / polyphosphate kinase activity / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polyphosphate kinase N-terminal domain / polyphosphate kinase like / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 / Polyphosphate kinase middle domain superfamily / Polyphosphate kinase N-terminal domain superfamily / Polyphosphate kinase, C-terminal domain 1 ...Polyphosphate kinase N-terminal domain / polyphosphate kinase like / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 / Polyphosphate kinase middle domain superfamily / Polyphosphate kinase N-terminal domain superfamily / Polyphosphate kinase, C-terminal domain 1 / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 / Polyphosphate kinase C-terminal domain 1 / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhu, Y. / Huang, W. / Lee, S.S. / Xu, W.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a polyphosphate kinase and its implications for polyphosphate synthesis
著者: Zhu, Y. / Huang, W. / Lee, S.S. / Xu, W.
履歴
登録2004年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月19日Group: Other
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyphosphate kinase
B: Polyphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,9408
ポリマ－160,8282
非ポリマー1,1126
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area56860 Å2
手法PISA
2
A: Polyphosphate kinase
B: Polyphosphate kinase
ヘテロ分子

A: Polyphosphate kinase
B: Polyphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,88016
ポリマ－321,6574
非ポリマー2,22312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area17820 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area107560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.000, 152.000, 150.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Polyphosphate kinase / Polyphosphoric acid kinase / ATP- polyphosphate phosphotransferase


分子量: 80414.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ppk / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star
参照: UniProt: P0A7B1, ATP-polyphosphate phosphotransferase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1,6 Hexanediol, Hepes, DTT, Magnesium chloride, AMPPNP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
21
31
41
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929, 0.97939, 0.95372
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.979391
30.953721
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 121657 / Num. obs: 113237 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.274 1802
Rwork0.248 -
obs0.337 105842
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.038 Å20 Å20 Å2
2---2.038 Å20 Å2
3---4.076 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11342 0 66 130 11538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0081
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.4371.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.5822
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it2.7642.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein.rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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