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- PDB-1xbv: Crystal structure of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xbv
タイトルCrystal structure of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase with bound D-ribulose 5-phosphate
要素3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta/alpha barrel / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase / 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase activity / L-ascorbic acid catabolic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase, UlaD / HPS/KGPDC domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBULOSE-5-PHOSPHATE / 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase UlaD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Wise, E.L. / Yew, W.S. / Akana, J. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Evolution of enzymatic activities in the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase suprafamily: structural basis for catalytic promiscuity in wild-type and designed mutants of 3-keto-L- ...タイトル: Evolution of enzymatic activities in the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase suprafamily: structural basis for catalytic promiscuity in wild-type and designed mutants of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
著者: Wise, E.L. / Yew, W.S. / Akana, J. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
履歴
登録2004年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
B: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7156
ポリマ－47,2062
非ポリマー5094
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16030 Å2
手法PISA
2
A: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
B: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子

A: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
B: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,43012
ポリマ－94,4124
非ポリマー1,0188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area10770 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area29710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.814, 41.471, 91.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-689-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase


分子量: 23603.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UlaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39304
#2: 糖 ChemComp-5RP / RIBULOSE-5-PHOSPHATE / リブロ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG 5000 methyl ether, 100 mM BTP, 5 mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.961 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→92 Å / Num. all: 382817 / Num. obs: 382817 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.4377 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.771 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1939 2762 5.1 %RANDOM
Rwork0.16226 ---
all0.16392 51641 --
obs0.16392 51641 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.559 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20.83 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 28 425 3739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0213369
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.9464570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15237269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3025425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.23672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21991
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1050.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1010.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7192.52115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.72543379
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.77351254
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4966.51191
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.659→1.702 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.311 192
Rwork0.28 3633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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