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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xbs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human dim2: a dim1-like protein | ||||||
要素 | Dim1-like protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / CELL CYCLE (細胞周期) / SPLICEOSOMAL PROTEIN (スプライセオソーム) / THIOREDOXIN (チオレドキシン) / SNRNP (核内低分子リボ核タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / 細胞周期 / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Simeoni, F. / Arvai, A. / Hopfner, K.-P. / Bello, P. / Gondeau, C. / Heitz, F. / Tainer, J. / Divita, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Biochemical Characterization and Crystal Structure of a Dim1 Family Associated Protein: Dim2 著者: Simeoni, F. / Arvai, A. / Bello, P. / Gondeau, C. / Hopfner, K.-P. / Neyroz, P. / Heitz, F. / Tainer, J. / Divita, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xbs.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xbs.ent.gz | 26.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xbs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/1xbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/1xbs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17034.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: GenBank: 45594298, UniProt: Q9NX01*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Ammonium sulfate, sodium chloride, EDTA, Tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 6836 / Num. obs: 6538 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.5 Å / Num. unique all: 615 / % possible all: 93.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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