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- PDB-1xak: STRUCTURE OF THE SARS-CORONAVIRUS ORF7A ACCESSORY PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xak
タイトルSTRUCTURE OF THE SARS-CORONAVIRUS ORF7A ACCESSORY PROTEIN
要素SARS ORF7A ACCESSORY PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / I-SET IG DOMAIN / BETA SANDWICH / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host apoptosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / Virion Assembly and Release / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi membrane / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / host cell Golgi apparatus / suppression by virus of host tetherin activity ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / Virion Assembly and Release / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi membrane / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / host cell Golgi apparatus / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SARS coronavirus X4 / Structural accessory protein ORF7a, SARS-CoV-like / ORF7a superfamily, coronavirus / Structural accessory protein ORF7a, SARS-CoV-like, X4e domain / Betacoronavirus NS7A protein / X4e domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nelson, C.A. / Lee, C.A. / Fremont, D.H. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structure and intracellular targeting of the SARS-coronavirus Orf7a accessory protein.
著者: Nelson, C.A. / Pekosz, A. / Lee, C.A. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H.
履歴
登録2004年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARS ORF7A ACCESSORY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4251
ポリマ－9,4251
非ポリマー00
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.100, 37.100, 55.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 SARS ORF7A ACCESSORY PROTEIN


分子量: 9424.540 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL ECTODOMAIN (residues 14-96) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
属: Coronavirus / プラスミド: pET-21a (EMD Biosciences) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon (+) E.coli cells (Stratagene)
参照: UniProt: P59635
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.35
詳細: 16% PEG 400, 100 mM sodium acetate, pH 5.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 7744 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→18.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 768789.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 422 5.5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 7741 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 93.0056 Å2 / ksol: 0.375932 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.61 Å22.38 Å20 Å2
2--1.61 Å20 Å2
3----3.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数533 0 0 142 675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 78 6.1 %
Rwork0.291 1198 -
obs-984 97.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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