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- PDB-1x9p: The crystal structure of human adenovirus 2 penton base -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x9p
タイトルThe crystal structure of human adenovirus 2 penton base
要素Penton protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / jellyroll domain / anti-parallel beta sheet / insertion domain
機能・相同性
機能・相同性情報


T=25 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Penton protein; domain 1 / adenovirus 2 penton base, domain 2 / adenovirus 2 penton base, domain 2 / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C15 / Penton protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zubieta, C. / Schoehn, G. / Chroboczek, J. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: The structure of the human adenovirus 2 penton
著者: Zubieta, C. / Schoehn, G. / Chroboczek, J. / Cusack, S.
履歴
登録2004年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Penton protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9884
ポリマ－58,2191
非ポリマー7693
水00
1
A: Penton protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,539,271240
ポリマ－3,493,12160
非ポリマー46,150180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Penton protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 295 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,93920
ポリマ－291,0935
非ポリマー3,84615
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Penton protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 354 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,92724
ポリマ－349,3126
非ポリマー4,61518
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Penton protein
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.54 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,539,271240
ポリマ－3,493,12160
非ポリマー46,150180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)435.984, 300.168, 420.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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48generate(-0.41180246, -0.434958, 0.80076855), (0.87629553, 0.05210955, 0.47894754), (-0.25004975, 0.89894167, 0.35969291)32.9845, -119.90601, 85.52589
49generate(0.3996452, -0.73610612, 0.54628884), (0.37191141, 0.67490142, 0.63733036), (-0.83783389, -0.05153497, 0.54348737)-6.93754, -95.1116, 114.49918
50generate(0.92380165, -0.0203725, 0.38232902), (-0.34921526, 0.36456291, 0.86321642), (-0.15696886, -0.93095588, 0.32966943)-32.76825, -59.60594, 81.0312
51generate(0.04128792, -0.72720906, -0.68517318), (-0.71346879, 0.45861768, -0.52974721), (0.69946951, 0.51072184, -0.4999056)147.6043, 111.86817, 96.04895
52generate(0.54050205, 0.00784548, -0.84130612), (-0.78506957, -0.35485918, -0.50768173), (-0.30252821, 0.93488684, -0.18564287)123.00025, 115.43048, 145.34331
53generate(0.02775585, 0.73244974, -0.6802551), (-0.06895727, -0.67749317, -0.73228949), (-0.99723343, 0.06723385, 0.03170333)148.20139, 80.20148, 179.57492
54generate(-0.78835286, 0.44522525, -0.42458715), (0.44522525, -0.06341508, -0.8931702), (-0.42458715, -0.8931702, -0.14823207)188.38061, 54.86645, 151.43687
55generate(-0.77998958, -0.4568935, -0.42762669), (0.04689522, 0.63874005, -0.76799218), (0.62403293, -0.61907955, -0.47678446)188.01158, 74.43754, 99.81498
56generate(-0.12336286, 0.89974603, 0.41861519), (0.28783476, 0.43614516, -0.85260105), (-0.9497014, 0.0153127, -0.3127823)48.51164, 63.50541, 210.81394
57generate(-0.77998958, 0.04689522, 0.62403293), (-0.4568935, 0.63874005, -0.61907955), (-0.42762669, -0.76799218, -0.47678446)80.86848, 100.14844, 185.15645
58generate(-0.20900468, -0.87098456, 0.44463798), (-0.87098456, -0.0409373, -0.48960191), (0.44463798, -0.48960191, -0.75005802)52.81018, 120.56046, 142.21388
59generate(0.80051012, -0.58541466, 0.12834807), (-0.38217866, -0.66359589, -0.64310183), (0.46165249, 0.46575763, -0.75494822)3.11236, 96.53275, 141.33139
60generate(0.85343968, 0.50895704, 0.1122651), (0.33401107, -0.36874272, -0.86744764), (-0.40009664, 0.77781202, -0.48469695)0.45571, 61.27079, 183.72856
詳細The biological assembly is a pentamer generated from the NCS operations transform -0.786808 0.446245 -0.426379 0.446245 -0.065939 -0.892478 -0.426379 -0.892478 -0.147254 188.40018 54.79469 151.5200 transform -0.779791 0.044970 0.624423 -0.457367 0.640150 -0.617271 -0.427483 -0.766933 -0.478615 80.93045 100.10513 185.2010 transform 0.319237 -0.486126 -0.813492 0.330668 0.861597 -0.385109 0.888114 -0.146055 0.435800 138.05939 12.51177 -14.6326 transform 0.321485 0.329827 0.887615 -0.485796 0.862065 -0.144382 -0.812803 -0.384783 0.437370 -35.30357 54.13622 123.5062

-
要素

#1: タンパク質 Penton protein / Virion component III / Penton base protein


分子量: 58218.684 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 49-571 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus C / 遺伝子: penton base / プラスミド: Htb / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03276
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-C15 / N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE / N-ドデシル-N,N-ジメチル-1-アンモニオ-3-プロパンスルホナ-ト


分子量: 336.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H38NO3S

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.4 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Ammonium sulfate, 10% dioxane, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.934
シンクロトロンESRF ID14-220.933
シンクロトロンESRF ID14-430.933
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年5月19日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年5月19日
ADSC QUANTUM 43CCD2003年5月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1diamond (111), Ge (220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2diamond (111), Ge (220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
20.9331
反射解像度: 3.3→25 Å / Num. all: 657395 / Num. obs: 447016 / % possible obs: 57.3 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 118.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 12708 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 22

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: electron microscopy map of ad3 dodecahedron

解像度: 3.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1824525.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 22325 5 %SHELLS
Rwork0.307 ---
obs0.307 445700 57.1 %-
all-460825 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 100 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.51 Å20 Å217.68 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----3.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.62 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.03 Å1.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3632 0 45 0 3677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.212.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 1786 6.5 %
Rwork0.405 25642 -
obs--21.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ZWIT_PARA.TXTZWIT_TOPO.TXT
X-RAY DIFFRACTION4SULFATE_PARA.TXTSULFATE_TOPO.TXT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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