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- PDB-1x99: X-ray crystal structure of Xerocomus chrysenteron lectin XCL at 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x99
タイトルX-ray crystal structure of Xerocomus chrysenteron lectin XCL at 1.4 Angstroms resolution, mutated at Q46M, V54M, L58M
要素lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / fungal lectin
機能・相同性Fungal fruit body lectin / Fungal fruit body lectin / Cytolysin/lectin / Cytolysin/lectin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Sandwich / Mainly Beta / Lectin
機能・相同性情報
生物種Xerocomus chrysenteron (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Birck, C. / Damian, L. / Marty-Detraves, C. / Lougarre, A. / Schulze-Briese, C. / Koehl, P. / Fournier, D. / Paquereau, L. / Samama, J.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: A New Lectin Family with Structure Similarity to Actinoporins Revealed by the Crystal Structure of Xerocomus chrysenteron Lectin XCL
著者: Birck, C. / Damian, L. / Marty-Detraves, C. / Lougarre, A. / Schulze-Briese, C. / Koehl, P. / Fournier, D. / Paquereau, L. / Samama, J.P.
履歴
登録2004年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lectin
B: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,21210
ポリマ－32,5452
非ポリマー6678
水2,954164
1
A: lectin
B: lectin
ヘテロ分子

A: lectin
B: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,42320
ポリマ－65,0904
非ポリマー1,33316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area9190 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area22030 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.153, 59.153, 149.663
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: x, -y, -z+1/3

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要素

#1: タンパク質 lectin / XCL lectin


分子量: 16272.558 Da / 分子数: 2 / 変異: Q48M, V56M, L60M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xerocomus chrysenteron (菌類) / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8WZC9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: ammonium sulfate, MES, zinc chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9184, 0.9791
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月5日
放射モノクロメーター: Si 111 monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.97911
反射解像度: 1.4→51.3 Å / Num. all: 60727 / Num. obs: 60727 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.6 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 12.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Rsym value: 0.265 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→51.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.526 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18743 3075 5.1 %RANDOM
Rwork0.17378 ---
all0.17447 57615 --
obs0.17447 57615 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→51.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 0 37 164 2419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222306
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.923125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.73634702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.075286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.23723.168101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13315363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1011515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1760.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.22002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21334
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.20.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.081.51698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3561.5607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3622271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96831052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.454.5854
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.93235196
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.1653164
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.59134302
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 223 -
Rwork0.144 4177 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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