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- PDB-1x7o: Crystal structure of the SpoU Methyltransferase AviRb from Strept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x7o
タイトルCrystal structure of the SpoU Methyltransferase AviRb from Streptomyces viridochromogenes
要素rRNA methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SpoU / C-terminal knot / SeMet
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (uridine2479-2'-O)-methyltransferase / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA methylation / methylation / response to antibiotic / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / SpoU L30e-like domain / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...: / SpoU L30e-like domain / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
23S rRNA (uridine(2479)-2'-O)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Mosbacher, T.G. / Bechthold, A. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure and function of the antibiotic resistance-mediating methyltransferase AviRb from Streptomyces viridochromogenes
著者: Mosbacher, T.G. / Bechthold, A. / Schulz, G.E.
履歴
登録2004年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Experimental preparation
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA methyltransferase
B: rRNA methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1592
ポリマ－63,1592
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.623, 76.623, 208.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細biological dimer in asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 rRNA methyltransferase / AviRb


分子量: 31579.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
プラスミド: pGEX 4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q9F5K6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: PEG 200, MES, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9793,0.9790,0.9611
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.9791
30.96111
反射解像度: 2.37→25 Å / Num. obs: 26199 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.37→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.347 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.37→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.552 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.349 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24899 1262 4.8 %RANDOM
Rwork0.20561 ---
obs0.20766 24851 99.82 %-
all-24896 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3998 0 0 129 4127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9555553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85638793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6875520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02843
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2250.24439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22581
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0520.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5271.52607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98624191
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48131471
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4474.51362
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.431 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.325 99
Rwork0.237 1753
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.22710.1828-1.22473.3507-2.46078.593-0.0045-0.4068-0.5648-0.03440.25190.24791.013-0.0915-0.24740.13640.01650.010.1704-0.00120.165125.701410.2377102.8594
25.37990.2057-1.45893.1924-0.83862.58610.12240.13520.593-0.0596-0.0091-0.2343-0.10050.1938-0.11320.0062-0.00830.02810.0706-0.04030.135245.094622.380685.733
36.39931.74672.75225.5834-1.58918.0948-0.12480.1817-0.687-0.52150.630.52472.0434-1.1868-0.50521.0049-0.35260.05310.29550.00410.417544.0775-11.635173.1457
45.06921.58140.39466.64620.67054.7247-0.0471-0.9056-0.49410.9255-0.1137-0.59541.14140.59630.16080.41070.144-0.01470.3270.08450.178659.6922.474691.7539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA18 - 12018 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2AA121 - 284121 - 284
3X-RAY DIFFRACTION3BB19 - 6619 - 66
4X-RAY DIFFRACTION3BB70 - 9670 - 96
5X-RAY DIFFRACTION3BB103 - 120103 - 120
6X-RAY DIFFRACTION4BB121 - 284121 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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