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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x7i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the native copper homeostasis protein (cutCm) with calcium binding from Shigella flexneri 2a str. 301 | ||||||
要素 | Copper homeostasis protein cutC | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / cutC family / Tim-like protein / Copper homeostasis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, D.Y. / Zhu, Y.Q. / Huang, R.H. / Xiang, Y. / Wang, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of the copper homeostasis protein (CutCm) from Shigella flexneri at 1.7 A resolution: The first structure of a new sequence family of TIM barrels 著者: Zhu, D.Y. / Zhu, Y.Q. / Huang, R.H. / Xiang, Y. / Yang, N. / Lu, H.X. / Li, G.P. / Jin, Q. / Wang, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x7i.cif.gz | 109.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x7i.ent.gz | 88.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x7i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1x7i_validation.pdf.gz | 439.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1x7i_full_validation.pdf.gz | 449.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1x7i_validation.xml.gz | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1x7i_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/1x7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/1x7i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27863.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌) 生物種: Shigella flexneri / 株: 301 / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P67825 #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG8000, 0.1M Sodium Cacodylate ph 6.0, 0.15M Calcium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.97938, 0.97850, 0.97000, 0.9780 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月13日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→45.83 Å / Num. all: 52869 / Num. obs: 52833 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 7152 / Rsym value: 0.159 / % possible all: 91.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→45.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2636661.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1566 Å2 / ksol: 0.328693 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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