PDB-1x6y: Structure 6: room temperature crystal structure of the truncated ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x6y

タイトル

Structure 6: room temperature crystal structure of the truncated pak pilin from Pseudomonas aeruginosa at 1.80A resolution

要素

Fimbrial protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / TYPE IV PILIN / LECTIN / ADHESIN

機能・相同性

機能・相同性情報

type IV pilus / type IV pilus-dependent motility / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Dunlop, K.V. / Irvin, R.T. / Hazes, B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Pros and cons of cryocrystallography: should we also collect a room-temperature data set?
著者: Dunlop, K.V. / Irvin, R.T. / Hazes, B.

履歴

登録	2004年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2016年12月7日	Group: Other
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x6y.cif.gz	38.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x6y.ent.gz	25.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x6pC 1x6qC 1x6rC 1x6xC 1x6zC 1dzoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1x6p-d 1x6x-d 1x6z-d 1dzo-d 1x6r-d 1x6q-d 3whn-1 6bbk-d 4d7x-d 2awy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Fimbrial protein

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.814, 37.814, 149.437
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

Protein assembles to form a fiber. See PDB codes 1DZO and 1AY2.

#1: タンパク質	Fimbrial protein / Pilin / Strain PAK 分子量: 12696.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR FILAMENTOUS APPENDAGE / 遺伝子: pilA, fimA / プラスミド: PRLD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02973
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: 60% Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月10日 / 詳細: SUPPER MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→20.8 Å / Num. all: 10797 / Num. obs: 10797 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 30 % / B_iso Wilson estimate: 15 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 14.62
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / % possible all: 62.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DZO

1dzo

解像度: 1.55→20.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.222 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.172	837	5.2 %	RANDOM
R_work	0.14502	-	-	-
all	0.1464	10797	-	-
obs	0.1464	10797	94.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.207 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	846	0	0	143	989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	877
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.535	1.969	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.059	3	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.599	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	975
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	150
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.132	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.287	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.219	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.29	54
R_work	0.346	780

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1914	-1.4005	-1.9665	1.9997	2.8189	3.8229	0.0141	0.0158	-0.0569	0.0196	-0.0227	0.036	-0.0239	0.0031	0.0086	0.0738	0.0116	0.0051	0.0641	-0.008	0.0566	7.624	4.917	47.553
2	1.6708	-0.2172	-0.5589	0.9333	1.1784	0.2623	-0.0628	0.1298	-0.0093	0.0137	0.0785	0.0439	-0.0436	0.014	-0.0156	0.062	0.0094	-0.0079	0.0737	0.0011	0.0666	4.614	1.589	31.835
3	0.266	-0.1291	-0.5108	0.4887	0.2681	0.5001	-0.015	0.0317	0.0359	0.0112	0.0188	-0.0237	-0.0278	0.0148	-0.0038	0.0582	0.0228	-0.0078	0.0841	-0.0101	0.0579	11.345	11.437	44.062
4	6.0521	-2.0784	-1.1386	2.7562	-1.2591	2.7654	-0.232	-0.335	0.0902	0.2477	0.1083	-0.1661	-0.15	-0.0131	0.1237	0.0797	0.025	-0.0343	0.0888	-0.0219	0.0169	14.022	13.672	57.696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	80 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	134 - 144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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