PDB-1x6p: Structure 4; room temperature crystal structure of truncated pak ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x6p

タイトル

Structure 4; room temperature crystal structure of truncated pak pilin from Pseudomonas aeruginosa at 1.63A resolution

要素

Fimbrial protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / TYPE IV PILIN / LECTIN / ADHESIN

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Dunlop, K.V. / Irvin, R.T. / Hazes, B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Pros and cons of cryocrystallography: should we also collect a room-temperature data set?
著者: Dunlop, K.V. / Irvin, R.T. / Hazes, B.

履歴

登録	2004年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x6p.cif.gz	38.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x6p.ent.gz	26.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x6qC 1x6rC 1x6xC 1x6yC 1x6zC 1dzoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1x6z-d 1x6y-d 1x6x-d 4d7x-d 1n88-d 1x6r-d 6bbk-d 2jx9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Fimbrial protein

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.114, 38.114, 149.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

Protein assembles to form a fiber. See PDB codes 1DZO and 1AY2

#1: タンパク質	Fimbrial protein / Pilin / Strain PAK 分子量: 12696.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR FILAMENTOUS APPENDAGE / 遺伝子: pilA, fimA / プラスミド: PRLD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02973
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Fimbrial protein / Pilin / Strain PAK

分子量: 12696.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR FILAMENTOUS APPENDAGE / 遺伝子: pilA, fimA / プラスミド: PRLD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02973

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: 60% Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: SUPPER MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→37.53 Å / Num. all: 14500 / Num. obs: 14500 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.62 % / B_iso Wilson estimate: 16.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 1.63→1.72 Å / R_merge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / R_sym value: 0.19 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DZO

1dzo

解像度: 1.63→37.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15765	751	5.2 %	RANDOM
R_work	0.13965	-	-	-
all	0.14056	14500	-	-
obs	0.14056	14500	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→37.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	846	0	0	138	984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	877
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.969	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.239	3	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.48	3	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.686	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	975
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	150
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.3	161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.3	719
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.016	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.5	96
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.503	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.3	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.183	0.3	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.259	0.5	14

LS精密化シェル

解像度: 1.633→1.676 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.205	42
R_work	0.202	927

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6404	-0.654	-1.061	1.0744	1.6728	2.2909	0.0194	-0.0014	-0.0514	0.0209	-0.0321	0.0381	-0.0258	0.0356	0.0127	0.0685	0.0155	0.0027	0.0459	-0.0052	0.0374	7.6546	4.9458	47.6741
2	1.7248	-0.2702	-0.4996	0.373	1.0021	0.4223	-0.0517	0.1467	0.013	0.0636	0.0727	0.0188	-0.017	0.0185	-0.021	0.0487	0.0103	-0.0056	0.0587	-0.0008	0.0446	4.7462	1.5287	31.9254
3	0.0807	-0.0736	-0.3332	0.3433	0.1348	0.2328	-0.0338	0.0336	0.0301	0.0486	0.0193	-0.0206	-0.0183	0.0281	0.0145	0.0519	0.0249	-0.0079	0.0652	-0.0129	0.0442	11.4195	11.4562	44.1814
4	4.4508	-1.1605	-1.016	1.8514	-1.3927	-0.6751	-0.1501	-0.177	0.0752	0.228	0.0297	-0.0852	-0.0098	-0.0001	0.1204	0.0964	0.0237	-0.0289	0.0629	-0.0145	0.0096	14.0052	13.7308	57.8546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	80 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	134 - 144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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