PDB-1x3h: Solution structure of the LIM domain of human Leupaxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x3h

タイトル

Solution structure of the LIM domain of human Leupaxin

要素

Leupaxin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Leupaxin / Paxillin family / protein-protein interaction / LIM domain / structural genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of B cell receptor signaling pathway / negative regulation of cell adhesion / podosome / regulation of cell adhesion mediated by integrin / endothelial cell migration / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell projection / transcription coregulator activity / protein-containing complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Yoneyama, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the LIM domain of human Leupaxin
著者: Yoneyama, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x3h.cif.gz	452.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x3h.ent.gz	374.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3r84-11 2kxy-d 458 2dhy-d 2js4-d 1nmr-d 2mq8-d 3r84-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hss001003110.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Leupaxin

ヘテロ分子

8.83 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, Target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Leupaxin 分子量: 8700.671 Da / 分子数: 1 / 断片: LIM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: LPXN / プラスミド: P040809-04 / 参照: UniProt: O60711
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	2	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.06mM LIM domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 10%D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 296 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.9295	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guentert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, Target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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