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- PDB-1x3f: Crystal structure of the single-stranded DNA-binding protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x3f
タイトルCrystal structure of the single-stranded DNA-binding protein from Mycobacterium SMEGMATIS
要素Single-strand binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Oligonucleotide binding fold / DNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA replication
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Saikrishnan, K. / Manjunath, G.P. / Singh, P. / Jeyakanthan, J. / Dauter, Z. / Sekar, K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of Mycobacterium smegmatis single-stranded DNA-binding protein and a comparative study involving homologus SSBs: biological implications of structural plasticity and ...タイトル: Structure of Mycobacterium smegmatis single-stranded DNA-binding protein and a comparative study involving homologus SSBs: biological implications of structural plasticity and variability in quaternary association.
著者: Saikrishnan, K. / Manjunath, G.P. / Singh, P. / Jeyakanthan, J. / Dauter, Z. / Sekar, K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis single-stranded DNA-binding protein. Variability in quaternary structure and its implications
著者: Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray studies of the single-stranded DNA-binding protein from Mycobacterium tuberculosis
著者: Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Purnapatre, K. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M.
履歴
登録2005年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-strand binding protein
B: Single-strand binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0674
ポリマ－34,8422
非ポリマー2252
水3,081171
1
A: Single-strand binding protein
B: Single-strand binding protein
ヘテロ分子

A: Single-strand binding protein
B: Single-strand binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1348
ポリマ－69,6844
非ポリマー4504
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area8970 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.014, 78.014, 71.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Single-strand binding protein / SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN / SSB / Helix-destabilizing protein


分子量: 17421.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
プラスミド: PET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AFI5
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1M sodium acetate, 500mM sodium chloride, 50mM cadmium acetate, 20mM Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 7219 / Num. obs: 7150 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.011
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.526 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 13.696 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27459 698 9.8 %RANDOM
Rwork0.20042 ---
all0.20752 6392 --
obs0.20752 6392 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.58 Å2-1.29 Å20 Å2
2---2.58 Å20 Å2
3---3.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 2 171 1802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211649
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.9422240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86333563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.655218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.21913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2490.280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0310.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2850.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5020.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5461.51096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.91121748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9743553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7054.5492
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.769 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.305 52
Rwork0.298 453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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