PDB-1x3e: Crystal structure of the single-stranded DNA-binding protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x3e

タイトル

Crystal structure of the single-stranded DNA-binding protein from Mycobacterium smegmatis

要素

Single-strand binding protein

一本鎖DNA結合タンパク質

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / oligonucleotide binding fold /

DNA-binding protein (DNA結合タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded DNA binding /

DNA複製
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Saikrishnan, K. / Manjunath, G.P. / Singh, P. / Jeyakanthan, J. / Dauter, Z. / Sekar, K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of Mycobacterium smegmatis single-stranded DNA-binding protein and a comparative study involving homologus SSBs: biological implications of structural plasticity and ...
著者: Saikrishnan, K. / Manjunath, G.P. / Singh, P. / Jeyakanthan, J. / Dauter, Z. / Sekar, K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.

履歴

登録	2005年5月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x3e.cif.gz	63.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x3e.ent.gz	46.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x3fC 1x3gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ue1-1 4k4z-1 4pa5-d 3ola-4 5wtr-2 4b2n-1 3c2l-d 3ol8-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Single-strand binding protein

B: Single-strand binding protein

ヘテロ分子

35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Single-strand binding protein

B: Single-strand binding protein

ヘテロ分子

A: Single-strand binding protein

B: Single-strand binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.620, 78.620, 79.834
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Single-strand binding protein / 一本鎖DNA結合タンパク質 / Single-stranded DNA-binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein 分子量: 17421.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) プラスミド: PET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AFI5
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1M sodium acetate, 500mM sodium chloride, 50mM cadmium sulphate, 20mM Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 15946 / Num. obs: 15708 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.058
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / R_merge(I) obs: 0.492 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 5.716 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23855	787	5 %	RANDOM
R_work	0.20049	-	-	-
all	0.20233	14913	-	-
obs	0.20233	14913	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.67 Å²	-0.84 Å²	0 Å²
2-	-	-1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1697	0	1	243	1941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.393	1.94	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.89	3	3715
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.52	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.378	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.307	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.489	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.657	1.5	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.277	2	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.174	3	583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.748	4.5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.293	-
R_work	0.267	1055

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.374	1.6212	2.3806	2.6145	1.0687	4.2153	0.0908	0.4579	-0.1695	-0.2304	0.0116	-0.2331	0.0566	0.3611	-0.1023	0.0461	0.014	0.0396	0.1762	-0.0436	0.0519	18.5792	34.1426	25.7236
2	143.3532	-5.227	-41.425	17.24	1.6147	41.2241	2.9922	-0.8492	5.1775	-0.3977	-1.6714	-1.8725	-1.2669	3.1015	-1.3209	0.2718	0.1084	0.2153	0.8927	0.0848	0.571	35.352	33.5123	17.2974
3	101.9642	-24.9189	-24.8394	32.2387	16.2293	10.3398	-0.5223	-2.3022	2.7946	0.7675	-0.0437	2.7057	-0.1339	-1.26	0.566	0.3575	0.1298	0.0227	0.5282	-0.1459	0.6108	4.8385	43.7401	37.5983
4	3.6739	-1.4409	-9.7147	31.2894	11.2191	27.2045	0.974	-0.7349	1.4297	0.6163	-0.354	-3.2361	-1.8144	1.7863	-0.6201	0.3663	-0.1057	0.0381	0.4425	-0.0793	0.5913	34.5613	47.0926	40.0752
5	5.3941	-0.5437	1.8182	3.3688	-1.2163	4.3616	0.0333	-0.0566	-0.3313	0.0061	0.1583	0.1894	0.2253	-0.1006	-0.1916	0.069	0.0194	-0.058	0.0894	-0.0567	0.1372	5.1689	21.4555	27.3836
6	101.3661	24.6233	3.2488	-3.5723	1.1312	9.2892	1.1033	-2.2757	-2.8472	0.1208	-1.0183	-0.6107	-0.0188	-0.8051	-0.085	0.1201	-0.027	-0.0808	0.2044	0.0584	0.1479	-13.5441	22.7808	28.0362
7	15.7725	-15.1453	2.0305	5.1154	-1.6888	3.9229	0.2286	0.5814	0.7587	-1.1974	-0.1943	-2.1821	-0.5553	2.4222	-0.0343	0.5651	0.2065	0.0156	1.1545	-0.1771	1.2064	27.4777	10.2104	29.8552
8	17.1891	25.348	9.3678	46.7703	7.1695	-6.8079	1.1098	0.2147	-1.0297	1.5989	-1.7067	0.8416	0.9912	0.7596	0.5969	1.0797	-0.3101	0.0373	0.8696	-0.0093	1.0522	-4.9661	3.876	39.8673

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 21	3 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	28 - 34	28 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	53 - 85	53 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	98 - 120	98 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	22 - 27	22 - 27
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	35 - 52	35 - 52
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	86 - 97	86 - 97
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	3 - 21	3 - 21
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	28 - 34	28 - 34
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	53 - 85	53 - 85
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	98 - 120	98 - 120
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	22 - 27	22 - 27
13	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	35 - 52	35 - 52
14	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	86 - 97	86 - 97

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