PDB-1x3d: Solution structure of the fibronectin type-III domain of human fi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x3d

タイトル

Solution structure of the fibronectin type-III domain of human fibronectin type-III domain containing protein 3a

要素

Fibronectin type-III domain containing protein 3a

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Fibronectin type III domain containing protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Sertoli cell development / fertilization / vesicle membrane / spermatid development / acrosomal vesicle / cell-cell adhesion / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Yoneyama, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the fibronectin type-III domain of human fibronectin type-III domain containing protein 3a
著者: Yoneyama, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x3d.cif.gz	680 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x3d.ent.gz	570.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1x3d_validation.pdf.gz	344.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1x3d_full_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示
XML形式データ	1x3d_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	1x3d_validation.cif.gz	58.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1bfs-1 3jv5-2 2ctk-d 4z59-d 1u3z-1 4z58-d 3jv5-1 1u41-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002100947.4

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fibronectin type-III domain containing protein 3a

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Fibronectin type-III domain containing protein 3a 分子量: 12748.127 Da / 分子数: 1 / 断片: Fibronectin type-III domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: FNDC3A / プラスミド: P040628-01 / 参照: UniProt: Q9Y2H6

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.16mM fn3 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 5mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 296 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.9295	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guentert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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