PDB-1wx1: Crystal structure of nictinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wx1

タイトル

Crystal structure of nictinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase from Thermus thermophilus HB8

要素

nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / Thermus thermophilus HB8 / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Asada, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of nictinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase from Thermus thermophilus HB8
著者: Asada, Y. / Kunishima, N.

履歴

登録	2005年1月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wx1.cif.gz	139.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wx1.ent.gz	109.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wx1_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wx1_full_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示
XML形式データ	1wx1_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	1wx1_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/1wx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/1wx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3mx5-3 1j33-1 6khm-12 6khm-4 6khm-3 3b8t-2 6khm-6 3eeg-d 4xbj-2 6d0v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003000214.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

B: nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.357, 107.357, 244.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-491- HOH

詳細

The biological assembly is dimer

#1: タンパク質	nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase 分子量: 34788.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 生物種: Thermus thermophilus / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7SIC7, nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.4 詳細: Na Form., Aceto, pH 5.4, MICROBATCH, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Bending Magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→30 Å / Num. all: 50477 / Num. obs: 50477 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.126 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.54 / Num. unique all: 4905 / R_sym value: 0.457 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→29.68 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	2518	-	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
all	0.187	50477	-	-
obs	0.187	50477	99.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.49 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.25 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.15 Å	0.12 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→29.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4820	0	1	449	5270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.86

LS精密化シェル

解像度: 1.97→2.06 Å / R_factor R_free error: 0.014

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	315	-
R_work	0.21	-	-
obs	-	-	96.1 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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