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- PDB-1wvq: Structure of conserved hypothetical protein PAE2307 from Pyrobacu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wvq
タイトルStructure of conserved hypothetical protein PAE2307 from Pyrobaculum aerophilum
要素hypothetical protein PAE2307
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Phosphorylated histidine
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ta1353-like / Adenosine specific kinase / Ta1353-like superfamily / Adenosine specific kinase / hypothetical protein tt1634 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / Adenosine monophosphate-protein transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lott, J.S. / Delbaere, L.T. / Banfield, M.J. / Sigrell-Simon, J.A. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The structure of an ancient conserved domain establishes a structural basis for stable histidine phosphorylation and identifies a new family of adenosine-specific kinases.
著者: Lott, J.S. / Paget, B. / Johnston, J.M. / Delbaere, L.T. / Sigrell-Simon, J.A. / Banfield, M.J. / Baker, E.N.
履歴
登録2004年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PAE2307
B: hypothetical protein PAE2307
C: hypothetical protein PAE2307
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3414
ポリマ－56,2463
非ポリマー951
水5,008278
1
A: hypothetical protein PAE2307
B: hypothetical protein PAE2307
C: hypothetical protein PAE2307
ヘテロ分子

A: hypothetical protein PAE2307
B: hypothetical protein PAE2307
C: hypothetical protein PAE2307
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6828
ポリマ－112,4926
非ポリマー1902
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area29170 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area30010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.036, 120.036, 156.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細Biological assembly is hexamer generated from trimer in asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein PAE2307


分子量: 18748.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: PAE2307 / プラスミド: pProEx / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 18313250, UniProt: Q8ZVF7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射Num. all: 785088 / Num. obs: 785088 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→37.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 532154.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 9900 10 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 99012 98.4 %-
all-108912 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6347 Å2 / ksol: 0.370447 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.17 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→37.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 5 278 4138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 935 9.9 %
Rwork0.227 8510 -
obs--95.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4H2P.PARAMH2P.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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