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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wvp | ||||||
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タイトル | Structure of chemically modified myoglobin with distal N-tetrazolyl-histidine E7(64) | ||||||
![]() | Myoglobin | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / myoglobin / HEMOPROTEIN / Tetrazole / chemical modification / distal HisE7 / oxygen carrier / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Makino, M. / Sugimoto, H. / Kamiya, N. / Shiro, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1991 タイトル: Heme environmental structure of a novel artificial myoglobin with a closed heme pocket: site-specific chemical modification producing distal N-tetrazolylhistidine E7 by cyanogen bromide and azide ion 著者: Kamiya, N. / Shiro, Y. / Iwata, T. / Iizuka, T. / Iwasaki, H. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: Specific modification of structure and property of myoglobin by the formation of tetrazolylhistidine 64(E7). Reaction of the modified myoglobin with molecular oxygen 著者: Shiro, Y. / Iwata, T. / Makino, R. / Fujii, M. / Isogai, Y. / Iizuka, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 828.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 829.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1a6kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17285.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: Ammonium Sulfate, Phosphate, pH 7.0, batch, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月16日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→50 Å / Num. all: 24645 / Num. obs: 24611 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.94 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 45.95 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.37 / Num. unique all: 2366 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1A6K 解像度: 1.53→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.076 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.043 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
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