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- PDB-1wvm: Crystal Structure of Psychrophilic Subtilisin-like Serine Proteas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wvm
タイトルCrystal Structure of Psychrophilic Subtilisin-like Serine Protease APA1 from Antarctic Psychrotroph Pseudoaleromonas sp. AS-11, Complexed with Inhibitor Chymostatin
要素
  • CHYMOSTATIN
  • alkaline serine protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / subtilisin-like alpha/beta domain / insert beta barrel domain / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain / PA domain / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Glucose Oxidase; domain 1 ...P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain / PA domain / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Glucose Oxidase; domain 1 / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Galactose-binding-like domain superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymostatin A / : / Alkaline serine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas sp. (バクテリア)
Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)
MC521-C8
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dong, D. / Watanabe, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Psychrophilic Subtilisin-like Serine Protease from Antarctic Psychrotroph Pseudoalteromonas sp. AS-11 at 0.16 nm resolution
著者: Dong, D. / Watanabe, K.
履歴
登録2004年12月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32013年2月27日Group: Other
改定 2.02023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alkaline serine protease
B: alkaline serine protease
C: CHYMOSTATIN
D: CHYMOSTATIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,86816
ポリマ－91,5134
非ポリマー35512
水9,692538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: alkaline serine protease
B: alkaline serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,65314
ポリマ－90,2982
非ポリマー35512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: alkaline serine protease
D: CHYMOSTATIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9589
ポリマ－45,7572
非ポリマー2027
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
4
A: alkaline serine protease
C: CHYMOSTATIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9107
ポリマ－45,7572
非ポリマー1535
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.230, 138.340, 64.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-614-

MG

21A-841-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 alkaline serine protease / subtilisin-like protease


分子量: 45149.031 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-441 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Extracellular Enzyme / 由来: (天然) Pseudoalteromonas sp. (バクテリア) / 株: AS-11
参照: GenBank: 52421107, UniProt: Q65Z69*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド CHYMOSTATIN


タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 607.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces hygroscopicus, MC521-C8 / 参照: Chymostatin A
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG5000MME, 0.1M magnisium acetate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月17日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→34.59 Å / Num. all: 136680 / Num. obs: 134538 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Num. unique all: 11185 / % possible all: 79.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V6C

1v6c


解像度: 1.6→34.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 250168.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 13440 10 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 134538 95 %-
all-136680 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.5917 Å2 / ksol: 0.357135 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å21.47 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----2.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å-0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6353 0 12 538 6903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.182.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 1923 10 %
Rwork0.208 17400 -
obs-19323 82.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CHY.PARAMCHY.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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