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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wvb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human arginase I: the mutant E256Q | ||||||
![]() | Arginase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / TWINNED CRYSTAL / MUTANT E256Q | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Di Costanzo, L. / Guadalupe, S. / Mora, A. / Centeno, F. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human arginase I: the mutant E256Q 著者: Di Costanzo, L. / Guadalupe, S. / Mora, A. / Centeno, F. / Christianson, D.W. #1: ![]() タイトル: Subunit-subunit interactions in trimeric arginase. Generation of active monomers by mutation of a single amino acid 著者: Lavulo, L.T. / Sossong Jr., T.M. / Brigham-Burke, M.R. / Doyle, M.L. / Cox, J.D. / Christianson, D.W. / Ash, D.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1d3vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34778.895 Da / 分子数: 2 / 変異: E256Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEGMME 2000, Bis-tris, ph 6.5(reservoir), pH 8.5(SAMPLE), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 27626 / Num. obs: 27626 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 28004 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1D3V 解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 詳細: This is a twinned structure. The twinning operator is (h,k,l) -> (-h,-k,l) and the twinning fraction is 0.5.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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