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万見
- PDB-1wuw: Crystal Structure of beta hordothionin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wuw
タイトルCrystal Structure of beta hordothionin
要素Beta-hordothionin
キーワードPLANT PROTEIN / crambin fold / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SERINE / PARA-TOLUENE SULFONATE / Beta-hordothionin
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Johnson, K.A. / Kim, E. / Teeter, M.M. / Suh, S.W. / Stec, B.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of alpha-hordothionin at 1.9 Angstrom resolution.
著者: Johnson, K.A. / Kim, E. / Teeter, M.M. / Suh, S.W. / Stec, B.
履歴
登録2004年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年8月4日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: refine / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hordothionin
B: Beta-hordothionin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4286
ポリマ－9,8742
非ポリマー5554
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.660, 68.660, 47.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-256-

HOH

21A-275-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Beta-hordothionin


分子量: 4936.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: P21742
#2: 化合物 ChemComp-TSU / PARA-TOLUENE SULFONATE / p-トルエンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O3S
#3: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 2000, citrate, ammonium sulfate, toluene sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年6月21日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 8963 / Num. obs: 8963 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 364 / % possible all: 54

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
MADNESSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1bhp

1bhp


解像度: 1.9→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 465 -random
Rwork0.172 ---
obs0.172 8963 93 %-
all-8963 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数674 0 36 92 802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 18 -
Rwork0.22 --
obs-364 54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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