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万見
- PDB-1wrm: Crystal structure of JSP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wrm
タイトルCrystal structure of JSP-1
要素dual specificity phosphatase 22
キーワードHYDROLASE / phosphatase / DSP / JNK
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell mediated immunity / leading edge of lamellipodium / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of T cell activation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein-serine/threonine phosphatase / filamentous actin / protein serine/threonine phosphatase activity ...negative regulation of T cell mediated immunity / leading edge of lamellipodium / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of T cell activation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein-serine/threonine phosphatase / filamentous actin / protein serine/threonine phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / immune system process / protein-tyrosine-phosphatase / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine kinase binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / negative regulation of cell migration / positive regulation of JNK cascade / regulation of cell population proliferation / intracellular signal transduction / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like ...Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dual specificity protein phosphatase 22
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Yokota, T. / Kashima, A. / Kato, R. / Sugio, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of human dual specificity phosphatase, JNK stimulatory phosphatase-1, at 1.5 A resolution
著者: Yokota, T. / Nara, Y. / Kashima, A. / Matsubara, K. / Misawa, S. / Kato, R. / Sugio, S.
履歴
登録2004年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dual specificity phosphatase 22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8762
ポリマ－18,6811
非ポリマー1951
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.027, 49.320, 47.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 dual specificity phosphatase 22 / LMW-DSP2 / mitogen-activated protein kinase phosphatase x / JNK-stimulating phosphatase 1


分子量: 18681.258 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-163 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET32-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE4)-RP / 参照: UniProt: Q9NRW4, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8
詳細: PEG4000, magnesium chloride, MES-NaOH, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.83565 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.83565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 24804 / Num. obs: 24754 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 37.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→40.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1192695.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1201 4.9 %RANDOM
Rwork0.251 ---
all-24754 --
obs-23553 91.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.4755 Å2 / ksol: 0.361237 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.44 Å20 Å2-13.35 Å2
2---6.81 Å20 Å2
3---3.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.69 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1244 0 12 80 1336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
LS精密化 シェル最高解像度: 1.5 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rwork3022 -
Rfree-5.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MES.PARAMMES.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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