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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wqg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ribosome recycling factor from Mycobacterium Tuberculosis | ||||||
![]() | Ribosome recycling factor | ||||||
![]() | TRANSLATION / translation factor / triple-HELIX bundle / protein synthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / ribosomal large subunit binding / translational termination / peptidoglycan-based cell wall / translation / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saikrishnan, K. / Kalapala, S.K. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structural studies of Mycobacterium tuberculosis RRF and a comparative study of RRFs of known structure. Molecular plasticity and biological implications 著者: Saikrishnan, K. / Kalapala, S.K. / Varshney, U. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray studies of Mycobacterium tuberculosis RRF 著者: Saikrishnan, K. / Kalapala, S.K. / Bidya Sagar, M. / Rao, A.R. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20861.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, cadmium acetate, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月26日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 11540 / Num. obs: 11392 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.135 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / % possible all: 95.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.448 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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