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- PDB-1wpb: Structure of Escherichia coli yfbU gene product -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wpb
タイトルStructure of Escherichia coli yfbU gene product
要素hypothetical protein yfbU
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / NCS / regulatory protein / protein structure initiative / PSI / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix hairpin bin / yfbu gene product, domain 2 / yfbu gene product, domain 2 / Uncharacterised protein family UPF0304, YfbU / YfbU, helix-hairpin domain superfamily / YfbU, alpha-helical bundle domain superfamily / YfbU domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
UPF0304 protein YfbU
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Borek, D. / Chen, Y. / Zheng, M. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Otwinowski, Z. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli yfbU gene product
著者: Borek, D. / Chen, Y. / Zheng, M. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Otwinowski, Z.
履歴
登録2004年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein yfbU
B: hypothetical protein yfbU
C: hypothetical protein yfbU
D: hypothetical protein yfbU
E: hypothetical protein yfbU
F: hypothetical protein yfbU
G: hypothetical protein yfbU
H: hypothetical protein yfbU
I: hypothetical protein yfbU
J: hypothetical protein yfbU
K: hypothetical protein yfbU
L: hypothetical protein yfbU
M: hypothetical protein yfbU
N: hypothetical protein yfbU
O: hypothetical protein yfbU
P: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,45196
ポリマ－327,12316
非ポリマー5,32880
水29,1481618
1
A: hypothetical protein yfbU
B: hypothetical protein yfbU
C: hypothetical protein yfbU
D: hypothetical protein yfbU
E: hypothetical protein yfbU
F: hypothetical protein yfbU
G: hypothetical protein yfbU
H: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

A: hypothetical protein yfbU
B: hypothetical protein yfbU
C: hypothetical protein yfbU
D: hypothetical protein yfbU
E: hypothetical protein yfbU
F: hypothetical protein yfbU
G: hypothetical protein yfbU
H: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

A: hypothetical protein yfbU
B: hypothetical protein yfbU
C: hypothetical protein yfbU
D: hypothetical protein yfbU
E: hypothetical protein yfbU
F: hypothetical protein yfbU
G: hypothetical protein yfbU
H: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,060150
ポリマ－490,68524
非ポリマー8,375126
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
手法PQS
2
I: hypothetical protein yfbU
J: hypothetical protein yfbU
K: hypothetical protein yfbU
L: hypothetical protein yfbU
M: hypothetical protein yfbU
N: hypothetical protein yfbU
O: hypothetical protein yfbU
P: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

I: hypothetical protein yfbU
J: hypothetical protein yfbU
K: hypothetical protein yfbU
L: hypothetical protein yfbU
M: hypothetical protein yfbU
N: hypothetical protein yfbU
O: hypothetical protein yfbU
P: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

I: hypothetical protein yfbU
J: hypothetical protein yfbU
K: hypothetical protein yfbU
L: hypothetical protein yfbU
M: hypothetical protein yfbU
N: hypothetical protein yfbU
O: hypothetical protein yfbU
P: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)498,295138
ポリマ－490,68524
非ポリマー7,610114
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
手法PQS
3
C: hypothetical protein yfbU
G: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

B: hypothetical protein yfbU
F: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,05624
ポリマ－81,7814
非ポリマー1,27520
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11230 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area33800 Å2
手法PISA
4
K: hypothetical protein yfbU
O: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

J: hypothetical protein yfbU
N: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,17024
ポリマ－81,7814
非ポリマー1,38920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area10880 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area33790 Å2
手法PISA
5
I: hypothetical protein yfbU
M: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

L: hypothetical protein yfbU
P: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,92922
ポリマ－81,7814
非ポリマー1,14818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11200 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area33340 Å2
手法PISA
6
D: hypothetical protein yfbU
H: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

A: hypothetical protein yfbU
E: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,29726
ポリマ－81,7814
非ポリマー1,51622
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area11220 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
7
B: hypothetical protein yfbU
F: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

C: hypothetical protein yfbU
G: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,05624
ポリマ－81,7814
非ポリマー1,27520
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area10980 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area33920 Å2
手法PISA
8
J: hypothetical protein yfbU
N: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子

K: hypothetical protein yfbU
O: hypothetical protein yfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,17024
ポリマ－81,7814
非ポリマー1,38920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area10630 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area33910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.521, 230.521, 230.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23
詳細The biological assembly is 24-mer. In asymmetric unit parts of two assemblies are present. For both of them full molecule is generated by the two different crystallographic three fold axes.

-
要素

#1: タンパク質
hypothetical protein yfbU


分子量: 20445.189 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yfbU / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R9C1
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: double crystal monochromator SI-220
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 272350 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique all: 11646 / Rsym value: 0.951 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.169 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22652 1366 0.5 %RANDOM
Rwork0.18951 ---
all0.21245 271727 --
obs0.1897 270667 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.183 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22375 0 300 1618 24293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02123172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0220488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.9331168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.984347390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48452671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50723.4931351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.147154133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.26915245
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.23220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0225747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.25146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.220545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.211298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.213106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.21236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1250.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2620.21384
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0430.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4891.517256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2871.55488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.646221552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.493311389
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6134.59656
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 107 -
Rwork0.237 19682 -
obs--99.94 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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