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万見
- PDB-1wni: Crystal Structure of H2-Proteinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wni
タイトルCrystal Structure of H2-Proteinase
要素Trimerelysin II
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEASE / ZINC / METZINCIN / SNAKE VENOM
機能・相同性
機能・相同性情報


trimerelysin II / metalloendopeptidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snake venom metalloproteinase trimerelysin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Trimeresurus flavoviridis (ハブ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Moriyama, H. / Tanaka, N. / Sato, M. / Katsube, Y. / Yamakawa, Y. / Omori-Satoh, T. / Iwanaga, S. / Ueki, T.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of H2-proteinase from the venom of Trimeresurus flavoviridis.
著者: Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Moriyama, H. / Tanaka, N. / Sato, M. / Katsube, Y. / Yamakawa, Y. / Omori-Satoh, T. / Iwanaga, S. / Ueki, T.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1995
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray study of H2-proteinase from the venom of Trimeresurus flavoviridis
著者: Kumasaka, T. / Takeya, H. / Yamamoto, M. / Yamakawa, Y. / Omori-Satoh, T. / Moriyama, H. / Tanaka, N. / Sato, M. / Katsube, Y. / Iwanaga, S.
履歴
登録2004年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trimerelysin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1112
ポリマ－23,0461
非ポリマー651
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.800, 77.800, 82.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Trimerelysin II / H2-PROTEINASE / H2 metalloproteinase


分子量: 23045.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / 参照: UniProt: P20165, trimerelysin II
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å / Num. all: 14262 / Num. obs: 14262 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータ削減
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
WEISデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.176 10635
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1591 0 1 78 1670

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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