PDB-1wfj: C2 domain-containing protein from putative elicitor-responsive gene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wfj

タイトル

C2 domain-containing protein from putative elicitor-responsive gene

要素

putative elicitor-responsive gene

キーワード

PLANT PROTEIN / C2 domain / elicitor-responsive gene / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: C2 domain-containing protein from putative elicitor-responsive gene
著者: Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年5月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wfj.cif.gz	776.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wfj.ent.gz	647 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wfj_validation.pdf.gz	345.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wfj_full_validation.pdf.gz	556.1 KB	表示
XML形式データ	1wfj_validation.xml.gz	73.6 KB	表示
CIF形式データ	1wfj_validation.cif.gz	92.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/1wfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/1wfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ii9-6 6thj-6 2f1x-2 2d82-d 6s3y-2 6s3y-6 6s4s-4 2f1x-1 6s3y-1 6s3y-12 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: atr001008092.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: putative elicitor-responsive gene

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	putative elicitor-responsive gene 分子量: 14514.913 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA RAFL05-11-F09 / プラスミド: P031104-14 / 参照: UniProt: Q9C8S6

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.19mM 13C/15N-labeled protein; 20mMNaPi, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.8992	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	構造決定
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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