PDB-1wf8: Solution structure of the PDZ domain of Spinophilin/NeurabinII protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wf8

タイトル

Solution structure of the PDZ domain of Spinophilin/NeurabinII protein

要素

Neurabin-I

キーワード

PROTEIN BINDING / PDZ domain / Spinophilin/NeurabinII protein / STRUCTURAL GENOMICS / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

cortical actin cytoskeleton / filopodium / actin filament organization / calcium-mediated signaling / modulation of chemical synaptic transmission / neuron projection development / actin filament binding / actin cytoskeleton / dendritic spine / postsynaptic density ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Qin, X. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the PDZ domain of Spinophilin/NeurabinII protein
著者: Qin, X. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年5月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wf8.cif.gz	597.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wf8.ent.gz	500.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wf8_validation.pdf.gz	343.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wf8_full_validation.pdf.gz	502.9 KB	表示
XML形式データ	1wf8_validation.xml.gz	43.2 KB	表示
CIF形式データ	1wf8_validation.cif.gz	66.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/1wf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/1wf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ujv-d 6jjs-d 2kpk-d 4uu5-d 2env-d 7bqr-d 1x6g-d 4htw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002001196

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Neurabin-I

11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Neurabin-I / Spinophilin/NeurabinII / Neural tissue-specific F-actin binding protein I 分子量: 10953.249 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: Kazusa cNDA fh03567 / プラスミド: P021030-40 / 参照: UniProt: Q9ULJ8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.05mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM PiNa(pH6.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio.F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.854	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	構造決定
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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