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- PDB-1wcf: 1.54 A CRYSTAL STRUCTURE OF RV3628, MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wcf
タイトル1.54 A CRYSTAL STRUCTURE OF RV3628, MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS INORGANIC PYROPHOSPHATASE (PPASE) AT PH7.0
要素INORGANIC PYROPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / POTASSIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / host cell surface / magnesium ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Benini, S. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of the Mycobacterium Tuberculosis Soluble Inorganic Pyrophosphatase Rv3628 at Ph 7.0.
著者: Benini, S. / Wilson, K.S.
履歴
登録2004年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02023年12月13日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6604
ポリマ－19,4871
非ポリマー1733
水5,026279
1
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,96024
ポリマ－116,9216
非ポリマー1,03918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area16820 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area37860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.902, 96.902, 103.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2066-

HOH

21A-2067-

HOH

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要素

#1: タンパク質 INORGANIC PYROPHOSPHATASE / PYROPHOSPHATE PHOSPHO-HYDROLASE / PPASE


分子量: 19486.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: MODIFIED PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P65746, UniProt: P9WI55*PLUS, inorganic diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SWS O06379 IPYR_MYCTU THE FIRST RESIDUE IN THE STRUCTURE IS COMING FROM THE N-TERM HIS-TAG. NO ...SWS O06379 IPYR_MYCTU THE FIRST RESIDUE IN THE STRUCTURE IS COMING FROM THE N-TERM HIS-TAG. NO ELECTRON DENSITY VISIBLE FOR THE LAST RESIDUE (C-TERM HIS)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.7 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 1.8M NAKPO4 PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月21日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220) AND A MULTILAYER
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→84 Å / Num. obs: 537840 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 30.24
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SXV

1sxv


解像度: 1.54→84.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.284 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 2153 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.157 40559 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å20.66 Å20 Å2
2--1.32 Å20 Å2
3----1.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→84.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1280 0 7 279 1566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221352
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.9631840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91732828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8555161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.94524.08571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.27215219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.3481510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.21232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0870.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3530.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6871.5814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.94621327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.7263544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.8214.5513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.231 165
Rwork0.205 2827

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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