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- PDB-1w9y: The structure of ACC oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w9y
タイトルThe structure of ACC oxidase
要素1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE OXIDASE 1
キーワードOXYGENASE / 2OG OXYGENASE / ACCO / ACC OXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aminocyclopropanecarboxylate oxidase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase activity / coumarin biosynthetic process / ethylene biosynthetic process / response to molecule of fungal origin / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls ...: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種PETUNIA HYBRIDA (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, Z. / Ren, J.-S. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure and Mechanistic Implications of 1-Aminocyclopropane-1-Carboxylic Acid Oxidase (the Ethyling Forming Enzyme)
著者: Zhang, Z. / Ren, J.-S. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2004年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE OXIDASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0332
ポリマ－36,9371
非ポリマー961
水1,71195
1
A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE OXIDASE 1
ヘテロ分子

A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE OXIDASE 1
ヘテロ分子

A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE OXIDASE 1
ヘテロ分子

A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE OXIDASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,1338
ポリマ－147,7494
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.300, 107.930, 108.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE OXIDASE 1 / ACC OXIDASE 1 / ETHYLENE-FORMING ENZYME / EFE


分子量: 36937.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PETUNIA HYBRIDA (ナス科) / プラスミド: PICI0143 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q08506, aminocyclopropanecarboxylate oxidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.11 %
結晶化pH: 10.3
詳細: 1.2 M SODIUM DIHYDROPHOSPHATE 0.6 M DIPOTASSIUM HYDROPHOSPHATE 0.3 M LITHIUM SULPHATE 0.1 M CAPS PH 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8856
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→30 Å / Num. obs: 23601 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 35.6
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.0085 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: RESIDUES 267-274 AND 308-319 DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2921 1141 4.7 %RANDOM
Rwork0.2237 ---
obs0.2237 23600 96.8 %-
溶媒の処理Bsol: 75.6093 Å2 / ksol: 0.359788 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.071 Å20 Å20 Å2
2---7.875 Å20 Å2
3----3.196 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2374 0 5 95 2474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0073
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CYA.PAR
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5GW583011.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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