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- PDB-1w9n: Isolation and characterization of epilancin 15X, a novel antibiot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w9n
タイトルIsolation and characterization of epilancin 15X, a novel antibiotic from a clinical strain of Staphylococcus epidermidis
要素EPILANCIN 15X
キーワードANTIBIOTIC / TYPE A LANTIBIOTIC / LANTHIONINE / ANTIBACTERIAL / THIOESTER
機能・相同性Lantibiotic, type A, Pep5-type / Type A lantibiotic family / cytolysis / defense response to bacterium / signaling receptor binding / EPILANCIN 15X / Lantibiotic epilancin 15X
機能・相同性情報
生物種STAPHYLOCOCCUS EPIDERMIDIS (表皮ブドウ球菌)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Ekkelenkamp, M. / Hanssen, M.G.M. / Hsu, S.-T.D. / de Jong, A. / Milatovic, D. / Verhoef, J. / van Nuland, N.A.J.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2005
タイトル: Isolation and structural characterization of epilancin 15X, a novel lantibiotic from a clinical strain of Staphylococcus epidermidis.
著者: Ekkelenkamp, M.B. / Hanssen, M. / Danny Hsu, S.T. / de Jong, A. / Milatovic, D. / Verhoef, J. / van Nuland, N.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Nisin-Lipid II Complex Reveals a Pyrophosphate Cage that Provides a Blueprint for Novel Antibiotics
著者: Hsu, S.-T.D. / Breukink, E. / Tischenko, E. / Lutters, M.A. / de Kruijff, B. / Kaptein, R. / Bonvin, A.M.J.J. / van Nuland, N.A.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Mapping the Targeted Membrane Pore Formation Mechanism by Solution NMR: The Nisin Z and Lipid II Interaction in Sds Micelles
著者: Hsu, S.-T.D. / Breukink, E. / de Kruijff, B. / Kaptein, R. / Bonvin, A.M.J.J. / van Nuland, N.A.J.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: NMR Study of Mersacidin and Lipid II Interaction in Dodecylphosphocholine Micelles. Conformational Changes are a Key to Antimicrobial Activity
著者: Hsu, S.-T.D. / Breukink, E. / Bierbaum, G. / Sahl, H.-G. / De Kruijff, B. / Kaptein, R. / Bonvin, A.M.J.J. / Van Nuland, N.A.J.
履歴
登録2004年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02024年5月1日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPILANCIN 15X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1891
ポリマ－3,1891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST TOTAL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド EPILANCIN 15X


タイプ: Polypeptide / クラス: Lantibiotic / 分子量: 3188.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Epilancin 15X is a tricyclic peptide. thioether bonds with cysteine result in three rings along the peptide chain. Post Translational maturation of lantibiotics involves the enzymic ...詳細: Epilancin 15X is a tricyclic peptide. thioether bonds with cysteine result in three rings along the peptide chain. Post Translational maturation of lantibiotics involves the enzymic conversion of Thr and Ser into dehydrated amino acids and the formation of thioether bonds with cysteine. This is followed by membrane translocation and cleavage of the modified precursor.
由来: (天然) STAPHYLOCOCCUS EPIDERMIDIS (表皮ブドウ球菌)
株: 15X150 / 参照: UniProt: P86047, EPILANCIN 15X
構成要素の詳細EPILANCIN 15X IS A LINEAR TYPE A LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY LANTHIONINE ...EPILANCIN 15X IS A LINEAR TYPE A LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY LANTHIONINE AND/OR METHYLLANTHIONINE NONPROTEINOGENIC AMINO ACIDS. HERE, EPILANCIN 15X IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: EPILANCIN 15X CHAIN: A COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 31 DESCRIPTION: EPILANCIN 15X IS A TRICYCLIC PEPTIDE. THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN THREE RINGS ALONG THE PEPTIDE CHAIN. CROSSLINK 12-16 LANTHIONINE (DAL-CYS) CROSSLINK 20-23 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS) CROSSLINK 22-25 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
1311H-13C HSQC
1411H-13C HMBC
251NOESY
261TOCSY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 10%WATER/90%D2O
試料状態
Conditions-ID圧 (kPa)温度 (K)
11.0 atm283.0 K
21.0 atm283.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker DRXBrukerDRX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRView構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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