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- PDB-1w9a: Crystal structure of Rv1155 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w9a
タイトルCrystal structure of Rv1155 from Mycobacterium tuberculosis
要素PUTATIVE PYRIDOXINE/PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / RELATED TO FMN-BINDING PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin B6 metabolic process / coenzyme F420 binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / 酸化還元酵素 / pyridoxal phosphate binding / FMN binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
F420-binding domain, putative / : / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
F420H(2)-dependent reductase Rv1155
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cannan, S. / Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Scappuccini, L. / Frassinetti, F. / Maurien, D. / Cambillau, C. / Bourne, Y.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the Conserved Hypothetical Protein Rv1155 from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Canaan, S. / Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Scappuccini-Calvo, L. / Frassinetti, F. / Maurin, D. / Cambillau, C. / Bourne, Y.
履歴
登録2004年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年3月6日Group: Data collection / Other ...Data collection / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE PYRIDOXINE/PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE
B: PUTATIVE PYRIDOXINE/PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9242
ポリマ－32,9242
非ポリマー00
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.953, 55.122, 55.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.61749, -0.74038, -0.2656), (-0.70492, 0.37106, 0.60449), (-0.349, 0.56049, -0.75103)
ベクター: 3.7761, 2.11774, 35.50867)

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE PYRIDOXINE/PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE / PNP/PMP OXIDASE / PNPOX / RV1155 / PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 16462.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: HISPKM596 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O06553, pyridoxal 5'-phosphate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 15 % (W/V) PEG 6000 0.1 M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.95373
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38 Å / Num. obs: 24197 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.372 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE TOTAL B VALUES, SUM OF TLS COMPONENT AND RESIDUAL, ARE GIVEN FOR EACH ATOM
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 1429 5.9 %RANDOM
Rwork0.141 ---
obs0.143 22732 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20.1 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2225 0 0 371 2596
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222350
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.9743215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80435162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5825291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.01822.936109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82715398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.931525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.22160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21429
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2710.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0621782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39732377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23241005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2195834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.22 90
Rwork0.172 1617
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19590.10750.19941.13570.0580.80650.019-0.0201-0.04530.0855-0.02420.02040.0677-0.02580.0052-0.0264-0.00090.0204-0.03790.002-0.05629.58120.70834.924
20.39910.32950.00061.5912-0.37410.10640.05150.1821-0.0544-0.2736-0.1089-0.36830.03090.39980.05740.09380.0283-0.00740.0938-0.0030.099329.19822.36239.78
31.86370.03360.31340.83640.06760.8906-0.02060.10050.0289-0.03550.009-0.02860.02110.02660.0116-0.0661-0.01110.003-0.07860.0077-0.08043.0124.13818.035
44.340.4879-1.40531.4780.38291.4985-0.01860.0394-0.2963-0.0657-0.02820.08340.1008-0.02920.0468-0.0399-0.0046-0.0204-0.0584-0.0058-0.0397-11.84513.7757.887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 93
2X-RAY DIFFRACTION1A130 - 147
3X-RAY DIFFRACTION2A94 - 129
4X-RAY DIFFRACTION3B9 - 93
5X-RAY DIFFRACTION3B130 - 147
6X-RAY DIFFRACTION4B94 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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