PDB-1w7d: NMR Structure of Fasciclin-Like Protein From Rhodobacter sphaeroides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w7d

タイトル

NMR Structure of Fasciclin-Like Protein From Rhodobacter sphaeroides

要素

BETA-IG-H3/FASCICLIN

キーワード

CELL ADHESION / FASCICLIN

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)

手法

溶液NMR

Model type details

MINIMIZED AVERAGE

データ登録者

Moody, R. / Phillips-Jones, M.K. / Williamson, M.P.

引用

ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of a Bacterial Fasciclin I Domain Protein Elucidates Function of Related Cell Adhesion Proteins Such as Tgfbip and Periostin.
著者: Moody, R.G. / Williamson, M.P.

履歴

登録	2004年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月15日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.5	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w7d.cif.gz	48.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w7d.ent.gz	34.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1w7d_validation.pdf.gz	490.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1w7d_full_validation.pdf.gz	512.1 KB	表示
XML形式データ	1w7d_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	1w7d_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w7eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6omw-8 2qfd-2 2qfb-7 3fep-d 2qfd-10 3mba-d 6vdt-2 6bth-2 2qfd-4 4yfr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6312

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BETA-IG-H3/FASCICLIN

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 100	BEST WATER REFINED STRUCTURE
代表モデル

#1: タンパク質	BETA-IG-H3/FASCICLIN / FASCICLIN-LIKE PROTEIN 分子量: 13848.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3IXZ6
配列の詳細	RHODOBACTER SPHAEROIDES GENOME DATABASE

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	HNHA

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細	内容: 90% WATER/10% D2O, 50MM NAPHOS
試料状態	イオン強度: 50 mM / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
Felix			構造決定
CNS			構造決定

精密化

ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER REFINEMENT

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: BEST WATER REFINED STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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