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万見
- PDB-1w6c: AGAO holoenzyme in a small cell, at 2.2 angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w6c
タイトルAGAO holoenzyme in a small cell, at 2.2 angstroms
要素PHENYLETHYLAMINE OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / AMINE OXIDASE / COPPER CONTAINING / METAL-BINDING / TPQ / QUINONE / HOLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase ...: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Phenylethylamine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種ARTHROBACTER GLOBIFORMIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Duff, A.P. / Langley, D.B. / Juda, G.A. / Shepard, E.M. / Dooley, D.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: The Copper Containing Amine Oxidase from Arthrobacter Globiformis: Refinement at 1.55 And 2.20 A Resolution in Two Crystal Forms.
著者: Langley, D.B. / Duff, A.P. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
#1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2001
タイトル: Construction, Overexpression, and Purification of Arthrobacter Globiformis Amine Oxidase-Strep- Tag II Fusion Protein
著者: Juda, G.A. / Bollinger, J.A. / Dooley, D.M.
履歴
登録2004年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年8月7日Group: Derived calculations / Other / Source and taxonomy
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHENYLETHYLAMINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9144
ポリマ－71,7641
非ポリマー1503
水2,594144
1
A: PHENYLETHYLAMINE OXIDASE
ヘテロ分子

A: PHENYLETHYLAMINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,8288
ポリマ－143,5282
非ポリマー3006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area15240 Å2
ΔGint-41.5 kcal/mol
Surface area50450 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)158.041, 64.061, 69.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PHENYLETHYLAMINE OXIDASE / AMINE OXIDASE / COPPER AMINE OXIDASE


分子量: 71763.766 Da / 分子数: 1 / 断片: AGAO HOLOENZYME, RESIDUES 3-638 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUE A382 WAS AN ACTIVE SITE TYROSINE RESIDUE, WHICH WAS AUTOCATALYTICALLY MODIFIED TO BECOME TPQ
由来: (組換発現) ARTHROBACTER GLOBIFORMIS (バクテリア)
プラスミド: PAGAO2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46881, EC: 1.4.3.6
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: RCH(2)NH(2) + H(2)O + O(2) = RCHO + NH(3) + H(2)O(2).
配列の詳細RESIDES 1-2, MT, ARE THOUGHT TO BE CLEAVED. THE WILD TYPE MATURE PROTEIN IS COMPOSED OF RESIDUES 3- ...RESIDES 1-2, MT, ARE THOUGHT TO BE CLEAVED. THE WILD TYPE MATURE PROTEIN IS COMPOSED OF RESIDUES 3-638. RESIDUES 639- 640, SN, IS A PRE-TAG SPACER. RESIDUES 641-648, WSHPQFEK, IS A STREP-TAG II. SEE JUDA ET AL. (2001) PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, 22, 455-461

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN ABOUT 2 WEEKS BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AT 293K. THE RESERVOIR WAS 0.2M MG ACETATE, 20% PEG 8K, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5. THE DROPS WERE 1.5MICROL OF 11.7 MG/ML ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN ABOUT 2 WEEKS BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AT 293K. THE RESERVOIR WAS 0.2M MG ACETATE, 20% PEG 8K, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5. THE DROPS WERE 1.5MICROL OF 11.7 MG/ML PROTEIN, 0.05M HEPES, PH 7.0, PLUS 1.5MICROL OF RESERVOIR SOLUTION. A CRYSTAL WAS CRYOPROTECTED BY GRADUAL INCREMENTAL SOAKING IN RESERVOIR SOLUTION MIXED WITH GLYCEROL. THE CONCENTRATION OF GLYCEROL WAS INCREASED FROM 0 TO 30% IN 2-3% INCREMENTS DURING 2 HOURS. THE CRYSTAL WAS THEN FROZEN IN THE CRYOSTREAM.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月20日
詳細: 58 CM LONG, PT-COATED, FUSED SILICA, VERTICAL FOCUSMIRROR
放射モノクロメーター: CYCLINDRICALLY BENT TRIANGULAR SI(111) ASYMMETRIC CUT, HORIZONTAL FOCUS MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.25 Å / Num. obs: 31420 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 29.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.68
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENRTY 1AV4

1av4


解像度: 2.2→32.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.397 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. WATERS Z74, Z133 AND Z136 ARE ASSOCIATED WITH THE ACTIVE SITE COPPER ION AND ARE MODELLED DESPITE HAVING WEAK ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1544 4.9 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.175 29876 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å2-1.07 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4860 0 3 144 5007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214986
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.9416790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.822310307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8195619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.25057
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23050
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.33523081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.56134975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1341903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.85461815
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 118
Rwork0.244 1951
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82830.18910.20661.151-0.50071.02530.0481-0.2042-0.0863-0.05280.03290.2127-0.0912-0.1217-0.0810.0316-0.04010.030.1127-0.00280.123126.2908-4.423433.1885
21.5582-0.21760.20121.24780.78270.9704-0.04140.2566-0.0829-0.09440.01390.2513-0.042-0.07480.02750.11730.085-0.05360.1065-0.0180.052539.76213.1243.8717
30.0777-0.45440.09890.62360.20950.31170.25230.2143-0.4659-0.1557-0.00980.10040.268-0.1372-0.24250.10020.0389-0.08990.1191-0.09990.164464.4246-20.928318.7106
40.840.0080.32540.23040.08490.56520.0639-0.099-0.0813-0.0018-0.07430.0498-0.0539-0.1250.01040.08340.00060.01490.0654-0.00890.066953.90430.817535.1832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2A100 - 203
3X-RAY DIFFRACTION3A204 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4A230 - 628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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