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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w61 | ||||||
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タイトル | proline racemase in complex with 2 molecules of pyrrole-2-carboxylic acid (holo form) | ||||||
要素 | B-CELL MITOGEN | ||||||
キーワード | RACEMASE / RACEMASE PYRIDOXAL PHOSPHATE-INDEPENDENT / STEREO INVERSION / B-CELL MITOGEN / ACID/BASE CATALYSIS / HOMODIMER / ALPHA/BETA DOMAINS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proline racemase activity / proline racemase / 4-hydroxyproline epimerase activity / multicellular organism development / extracellular region / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Buschiazzo, A. / Alzari, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure,Catalytic Mechanism and Mitogenic Properties of Trypanosoma Cruzi Proline Racemase 著者: Buschiazzo, A. / Goytia, M. / Shaeffer, F. / Degrave, W. / Shepard, W. / Gregoire, C. / Chamond, N. / Cosson, A. / Berneman, A. / Coatnoan, N. / Alzari, P. / Minoprio, P. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w61.cif.gz | 152.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w61.ent.gz | 120 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1w61_validation.pdf.gz | 450.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1w61_full_validation.pdf.gz | 458.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1w61_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1w61_validation.cif.gz | 43.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/1w61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/1w61 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.4124, 0.2854, 0.8651), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45796.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ) 株: CL BRENER / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9NCP4, UniProt: Q4DA80*PLUS, proline racemase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FIRST 31 AA IN Q9NCP4 CONSTITUTE A SIGNAL PEPTIDE AND THEY WERE REMOVED IN THE CONSTRUCTION ...THE FIRST 31 AA IN Q9NCP4 CONSTITUTE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % 解説: THE INITIAL MODEL WAS OBTAINED USING ANOMALOUS DIFFRACTION ON SE-MET SUBSTITUTED CRYSTALS. THE REFINEMENT OF THIS INITIAL MODEL WAS NOT COMPLETED -RES 3 ANGSTROMS- BUT USED SUCCESFULLY AS ...解説: THE INITIAL MODEL WAS OBTAINED USING ANOMALOUS DIFFRACTION ON SE-MET SUBSTITUTED CRYSTALS. THE REFINEMENT OF THIS INITIAL MODEL WAS NOT COMPLETED -RES 3 ANGSTROMS- BUT USED SUCCESFULLY AS MOLECULAR REPLACEMENT PROBE |
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 15% PEG 4000,100MM NH4ACETATE 50MM NA3CITRATE.2H2O,PH5.6, pH 5.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0072 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→69.2 Å / Num. obs: 46967 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MODEL OF THE SAME PROTEIN OBTAINED BY SAD 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.436 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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