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- PDB-1w61: proline racemase in complex with 2 molecules of pyrrole-2-carboxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w61
タイトルproline racemase in complex with 2 molecules of pyrrole-2-carboxylic acid (holo form)
要素B-CELL MITOGEN
キーワードRACEMASE / RACEMASE PYRIDOXAL PHOSPHATE-INDEPENDENT / STEREO INVERSION / B-CELL MITOGEN / ACID/BASE CATALYSIS / HOMODIMER / ALPHA/BETA DOMAINS
機能・相同性
機能・相同性情報


proline racemase activity / proline racemase / 4-hydroxyproline epimerase activity / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proline racemase family / Proline racemase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLE-2-CARBOXYLATE / Proline racemase A / Proline racemase A
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Buschiazzo, A. / Alzari, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure,Catalytic Mechanism and Mitogenic Properties of Trypanosoma Cruzi Proline Racemase
著者: Buschiazzo, A. / Goytia, M. / Shaeffer, F. / Degrave, W. / Shepard, W. / Gregoire, C. / Chamond, N. / Cosson, A. / Berneman, A. / Coatnoan, N. / Alzari, P. / Minoprio, P.
履歴
登録2004年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-CELL MITOGEN
B: B-CELL MITOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8134
ポリマ－91,5922
非ポリマー2202
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.153, 91.209, 85.983
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.4124, 0.2854, 0.8651), (0.3159, -0.8459, 0.4297), (0.8545, 0.4505, 0.2587)
ベクター: 5.0503, 17.6479, -9.6554)

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要素

#1: タンパク質 B-CELL MITOGEN / PROLINE RACEMASE


分子量: 45796.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ)
株: CL BRENER / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9NCP4, UniProt: Q4DA80*PLUS, proline racemase
#2: 化合物 ChemComp-PYC / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / 1H-ピロ-ル-2-カルボキシラ-ト


分子量: 110.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST 31 AA IN Q9NCP4 CONSTITUTE A SIGNAL PEPTIDE AND THEY WERE REMOVED IN THE CONSTRUCTION ...THE FIRST 31 AA IN Q9NCP4 CONSTITUTE A SIGNAL PEPTIDE AND THEY WERE REMOVED IN THE CONSTRUCTION USED FOR CRYSTALLIZATION. THE LAST 21 RESIDUES IN THE CRYSTALLIZED PROTEIN ARE CODED BY THE EXPRESSION PLASMID (INCLUDES THE 6XHIS-TAG)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
解説: THE INITIAL MODEL WAS OBTAINED USING ANOMALOUS DIFFRACTION ON SE-MET SUBSTITUTED CRYSTALS. THE REFINEMENT OF THIS INITIAL MODEL WAS NOT COMPLETED -RES 3 ANGSTROMS- BUT USED SUCCESFULLY AS ...解説: THE INITIAL MODEL WAS OBTAINED USING ANOMALOUS DIFFRACTION ON SE-MET SUBSTITUTED CRYSTALS. THE REFINEMENT OF THIS INITIAL MODEL WAS NOT COMPLETED -RES 3 ANGSTROMS- BUT USED SUCCESFULLY AS MOLECULAR REPLACEMENT PROBE
結晶化pH: 5.6
詳細: 15% PEG 4000,100MM NH4ACETATE 50MM NA3CITRATE.2H2O,PH5.6, pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0072
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→69.2 Å / Num. obs: 46967 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODEL OF THE SAME PROTEIN OBTAINED BY SAD

解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.436 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 2331 5.04 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.15 46958 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.425 Å20 Å20.727 Å2
2---0.744 Å20 Å2
3---0.183 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5374 0 16 358 5748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0225501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.721.9517472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886311695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85524.681235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.40615887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.611528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021069
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.24902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.22682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.23090
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3460.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2890.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7781.54486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69625703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.01432224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2394.51769
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.227 152
Rwork0.141 2961
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49590.147-0.32491.3509-0.40660.7505-0.00560.0021-0.0362-0.2266-0.0123-0.01870.1498-0.03860.01780.0111-0.00310.0023-0.0448-0.0013-0.053712.8120.65313.812
20.6915-0.16050.16261.6905-0.67710.7799-0.0802-0.1286-0.01680.3087-0.0218-0.1823-0.12160.05590.10190.0147-0.0048-0.0408-0.0080.0368-0.070217.537-1.19636.481
30.54750.0540.07760.8366-0.33670.6733-0.0303-0.00550.024-0.10390.031-0.01370.0037-0.0201-0.00070.0066-0.00860.002-0.0309-0.0013-0.061211.76126.9845.293
40.80290.0454-0.17751.03980.2090.89750.051-0.09450.0955-0.02640.0435-0.1807-0.07740.1254-0.0944-0.0462-0.040.0421-0.0344-0.0349-0.007228.67740.10514.433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 186
2X-RAY DIFFRACTION1A369 - 393
3X-RAY DIFFRACTION2A190 - 367
4X-RAY DIFFRACTION3B44 - 186
5X-RAY DIFFRACTION3B369 - 393
6X-RAY DIFFRACTION4B190 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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