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万見
- PDB-1w5c: Photosystem II from Thermosynechococcus elongatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w5c
タイトルPhotosystem II from Thermosynechococcus elongatus
要素
  • (CYTOCHROME B559 ...) x 2
  • (PHOTOSYSTEM II ...) x 5
  • CYTOCHROME C-550
  • PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1
  • UNASSIGNED SUBUNITS
キーワードPHOTOSYNTHESIS / WATER OXIDATION / PHOTOSYSTEM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c-heme linkage / oxygen evolving activity / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II ...cytochrome c-heme linkage / oxygen evolving activity / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily ...photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II protein D1 1 ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II protein D1 1 / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome c-550 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Biesiadka, J. / Loll, B. / Kern, J. / Irrgang, K.-D. / Saenger, W.
引用ジャーナル: Phys.Chem.Chem.Phys. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Cyanobacterial Photosystem II at 3.2 A Resolution: A Closer Look at the Mn- Cluster
著者: Biesiadka, J. / Loll, B. / Kern, J. / Irrgang, K.-D. / Zouni, A.
履歴
登録2004年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
改定 1.22014年1月8日Group: Database references
改定 2.02024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1
B: PHOTOSYSTEM II CORE LIGHT HARVESTING PROTEIN
C: PHOTOSYSTEM II CP43 PROTEIN
D: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER D2 PROTEIN
E: CYTOCHROME B559 ALPHA SUBUNIT
F: CYTOCHROME B559 BETA SUBUNIT
G: PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1
H: PHOTOSYSTEM II CORE LIGHT HARVESTING PROTEIN
I: PHOTOSYSTEM II CP43 PROTEIN
J: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER D2 PROTEIN
K: CYTOCHROME B559 ALPHA SUBUNIT
L: CYTOCHROME B559 BETA SUBUNIT
O: PHOTOSYSTEM II MANGANESE-STABILIZING POLYPEPTIDE
P: PHOTOSYSTEM II MANGANESE-STABILIZING POLYPEPTIDE
S: PHOTOSYSTEM II 12 KDA EXTRINSIC PROTEIN
T: CYTOCHROME C-550
U: PHOTOSYSTEM II 12 KDA EXTRINSIC PROTEIN
V: CYTOCHROME C-550
X: UNASSIGNED SUBUNITS
Y: UNASSIGNED SUBUNITS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)620,399112
ポリマ－548,77720
非ポリマー71,62292
水00
1
A: PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1
B: PHOTOSYSTEM II CORE LIGHT HARVESTING PROTEIN
C: PHOTOSYSTEM II CP43 PROTEIN
D: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER D2 PROTEIN
E: CYTOCHROME B559 ALPHA SUBUNIT
F: CYTOCHROME B559 BETA SUBUNIT
O: PHOTOSYSTEM II MANGANESE-STABILIZING POLYPEPTIDE
U: PHOTOSYSTEM II 12 KDA EXTRINSIC PROTEIN
V: CYTOCHROME C-550
X: UNASSIGNED SUBUNITS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,20056
ポリマ－274,38810
非ポリマー35,81146
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area72600 Å2
ΔGint-344.4 kcal/mol
Surface area135320 Å2
手法PQS
2
G: PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1
H: PHOTOSYSTEM II CORE LIGHT HARVESTING PROTEIN
I: PHOTOSYSTEM II CP43 PROTEIN
J: PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER D2 PROTEIN
K: CYTOCHROME B559 ALPHA SUBUNIT
L: CYTOCHROME B559 BETA SUBUNIT
P: PHOTOSYSTEM II MANGANESE-STABILIZING POLYPEPTIDE
S: PHOTOSYSTEM II 12 KDA EXTRINSIC PROTEIN
T: CYTOCHROME C-550
Y: UNASSIGNED SUBUNITS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,20056
ポリマ－274,38810
非ポリマー35,81146
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area68780 Å2
ΔGint-312.8 kcal/mol
Surface area135460 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)127.517, 224.612, 305.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AGTVXY

#1: タンパク質 PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1 / PHOTOSYSTEM II PROTEIN D1


分子量: 39762.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
参照: UniProt: P0A444
#9: タンパク質 CYTOCHROME C-550 / PSII SUBUNIT PSBV / CYTOCHROME C550 / LOW POTENTIAL CYTOCHROME C


分子量: 18046.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
参照: UniProt: P56150, UniProt: P0A386*PLUS
#10: タンパク質 UNASSIGNED SUBUNITS


分子量: 30570.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)

-
PHOTOSYSTEM II ... , 5種, 10分子 BHCIDJOPSU

#2: タンパク質 PHOTOSYSTEM II CORE LIGHT HARVESTING PROTEIN / PSII SUBUNIT PSBB


分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質 PHOTOSYSTEM II CP43 PROTEIN / PSII SUBUNIT PSBC


分子量: 51666.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質 PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER D2 PROTEIN / PSII SUBUNIT PSBD


分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
参照: UniProt: Q8CM25
#7: タンパク質 PHOTOSYSTEM II MANGANESE-STABILIZING POLYPEPTIDE / PSII SUBUNIT PSBO / MSP


分子量: 15251.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
#8: タンパク質 PHOTOSYSTEM II 12 KDA EXTRINSIC PROTEIN / PSII SUBUNIT PSBU / PS II COMPLEX 12KDA EXTRINSIC PROTEIN / PSII-U


分子量: 8528.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)

-
CYTOCHROME B559 ... , 2種, 4分子 EKFL

#5: タンパク質 CYTOCHROME B559 ALPHA SUBUNIT / PSII SUBUNIT PSBE / PSII REACTION CENTER SUBUNIT V


分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
参照: UniProt: P12238, UniProt: Q8DIP0*PLUS
#6: タンパク質・ペプチド CYTOCHROME B559 BETA SUBUNIT / PSII SUBUNIT PSBF / PSII REACTION CENTER SUBUNIT VI


分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
参照: UniProt: P12239, UniProt: Q8DIN9*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 92分子

#11: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#12: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#13: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#14: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#15: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#16: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#17: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#18: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CHAINS O AND P CORRESPOND TO UNIPROT ENTRY PSBO_SYNEL (P55221), CHAINS U AND S CORRESPOND TO ...CHAINS O AND P CORRESPOND TO UNIPROT ENTRY PSBO_SYNEL (P55221), CHAINS U AND S CORRESPOND TO UNIPROT ENTRY PSBU_SNYEL (Q9F1L5). THE ELECTRON DENSITY FOR THESE REGIONS DO NOT ALLOW FOR UNAMBIGUOUS ASSIGNMENT OF SEQUENCE AND THEY ARE THEREFORE REPRESENTED BY RESIDUE TYPE UNK (UNKNOWN), WHICH IS REFLECTED IN THE CORRESPONDING SEQRES AND DBREF RECORDS. THE SEQUENCE IN FRAGMENTS MODELED AS POLY-ALA AND CA WAS ASSIGNED TENTATIVELY AND SHOULD BE TREATED WITH CAUTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.16 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 133566 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 56.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MLF
詳細: THE REFINEMENT PROCESS USED A NUMBER OF FAKE ATOMS AND RESIDUES WHOSE IDENTITY COULD NOT BE UNAMBIGUOUSLY ASSIGNED. THESE WERE REMOVED FROM THE STRUCTURE THAT WAS DEPOSITED TO THE PDB. THE ...詳細: THE REFINEMENT PROCESS USED A NUMBER OF FAKE ATOMS AND RESIDUES WHOSE IDENTITY COULD NOT BE UNAMBIGUOUSLY ASSIGNED. THESE WERE REMOVED FROM THE STRUCTURE THAT WAS DEPOSITED TO THE PDB. THE REFINEMENT STATISTICS HAVE NOT BEEN INCLUDED HERE, SINCE THEY DO NOT ACCURATELY REFLECT THE REFINEMENT PROCESS FOR THE AVAILABLE STRUCTURE
反射数%反射
obs107320 75.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 45.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-33.02 Å20 Å20 Å2
2---5.16 Å20 Å2
3----27.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.78 Å0.76 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31578 0 4036 0 35614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.954
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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