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- PDB-1w30: PyrR of Mycobacterium Tuberculosis as a potential drug target -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w30
タイトルPyrR of Mycobacterium Tuberculosis as a potential drug target
要素PYRR BIFUNCTIONAL PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / PYRR / GLYCOSYLTRANSFERASE / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / TB STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / TB / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / nucleoside metabolic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Bifunctional protein PyrR / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional protein PyrR / Bifunctional protein PyrR
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kantardjieff, K.A. / Vasquez, C. / Castro, P. / Warfel, N.N. / Rho, B.-S. / Lekin, T. / Kim, C.-Y. / Segelke, B.W. / Terwilliger, T. / Rupp, B. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of Pyrr (Rv1379) from Mycobacterium Tuberculosis: A Persistence Gene and Protein Drug Target
著者: Kantardjieff, K.A. / Vasquez, C. / Castro, P. / Warfel, N.N. / Rho, B.-S. / Lekin, T. / Kim, C.-Y. / Segelke, B.W. / Terwilliger, T. / Rupp, B.
履歴
登録2004年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRR BIFUNCTIONAL PROTEIN
B: PYRR BIFUNCTIONAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2592
ポリマ－43,2592
非ポリマー00
水5,927329
1
A: PYRR BIFUNCTIONAL PROTEIN
B: PYRR BIFUNCTIONAL PROTEIN

A: PYRR BIFUNCTIONAL PROTEIN
B: PYRR BIFUNCTIONAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5184
ポリマ－86,5184
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.638, 66.638, 154.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2161-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHRAA25 - 3725 - 37
21THRTHRTHRTHRBB25 - 3725 - 37
12VALVALASNASNAA51 - 6951 - 69
22VALVALASNASNBB51 - 6951 - 69
13VALVALLEULEUAA78 - 8378 - 83
23VALVALLEULEUBB78 - 8378 - 83
14ILEILELEULEUAA116 - 135116 - 135
24ILEILELEULEUBB116 - 135116 - 135
15GLNGLNVALVALAA145 - 176145 - 176
25GLNGLNVALVALBB145 - 176145 - 176

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.3662, -0.3354, 0.868), (-0.3717, -0.8024, -0.4669), (0.8531, -0.4936, 0.1691)
ベクター: -48, 70.31, 64.12)

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要素

#1: タンパク質 PYRR BIFUNCTIONAL PROTEIN / URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / UPRTASE


分子量: 21629.594 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GSHHHHHH C-TERMINAL TAG
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: HRV37 / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P71807, UniProt: P9WHK3*PLUS, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE FOR CHAINS A, B: ASP (21) ASN
配列の詳細D21N MUTATION, C-TERMINAL GSHHHHHH TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
解説: 3D-PSSM HOMOLOGY MODEL FROM 1A3C REFINED WITH SCWRL 3.0
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SITTING DROPS 0.5UL + 0.5UL IN INTELLIPLATE, 0.1M IMIDAZOLE-MALEATE PH 7.5, 26% PEG-MME 2K, 2.8% EDTA. CRYSTAL APPROXIMATELY 50 MICRON RHOMBOID.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→38.8 Å / Num. obs: 34571 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMRV. 2.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A3C

1a3c


解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.611 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. N-TERMINAL REGION 1-11 ABSENT IN DENSITY. LOOPS 90-100 HIGHLY FLEXIBLE AND ABSENT FROM MODEL, ALTHOUGH INTERMITTENT DENSITY FRAGMENTS CAN BE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. N-TERMINAL REGION 1-11 ABSENT IN DENSITY. LOOPS 90-100 HIGHLY FLEXIBLE AND ABSENT FROM MODEL, ALTHOUGH INTERMITTENT DENSITY FRAGMENTS CAN BE TRACED. RESIDUE ATOMS. C -TERMINAL LINKER AND HIS TAG GSHHHHHH ABSENT FROM DENSITY, FRAGMENTS OF ISOLATED OR FRAGMENTED DENSITY ARE VISIBLE AND MAY BE REPRESENTED BY SOLVENT ATOMS. ALL REGIONS EXCLUDED FROM NCS SHOW HIGH MOBILITY AND VARIATION BETWEEN MOLECULES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1589 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.206 30276 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20.22 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2656 0 0 329 2985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0212692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7981.9743655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg0.96736018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr6.655347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2660.23221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21870
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3190.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2480.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2221.51738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16722805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9983954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1674.5850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 116
Rwork0.278 2213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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