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- PDB-1w0s: Solution structure of trimeric form of properdin by X-ray solutio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w0s
タイトルSolution structure of trimeric form of properdin by X-ray solution scattering and analytical ultracentrifugation
要素PROPERDIN
キーワードGLYCOPROTEIN / X-RAY SCATTERING / ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION / COMPLEMENT / THROMBOSPONDIN TYPE I REPEATS / CONSTRAINED MODELLING
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response ...cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / specific granule lumen / tertiary granule lumen / defense response to bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Thrombospondin type 1 repeat / CFP-like, C-terminal thrombospondin type 1 domain / : / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液散乱
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C
データ登録者Sun, Z. / Reid, K.B.M. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Dimeric and Trimeric Solution Structures of the Multidomain Complement Protein Properdin by X-Ray Scattering, Analytical Ultracentrifugation and Constrained Modelling.
著者: Sun, Z. / Reid, K.B.M. / Perkins, S.J.
履歴
登録2004年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROPERDIN
B: PROPERDIN
C: PROPERDIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6623
ポリマ－145,6623
非ポリマー00
水00
1
A: PROPERDIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5541
ポリマ－48,5541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROPERDIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5541
ポリマ－48,5541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROPERDIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5541
ポリマ－48,5541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 PROPERDIN / FACTOR P / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 48554.000 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 28-469 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P27918
構成要素の詳細POSITIVELY REGULATES THE ALTERNATE PATHWAY OF COMPLEMENT BY BINDING AND STABILIZING THE C3- AND C5- ...POSITIVELY REGULATES THE ALTERNATE PATHWAY OF COMPLEMENT BY BINDING AND STABILIZING THE C3- AND C5-CONVERTASE ENZYME COMPLEXES.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

Soln scatter
タイプIDBuffer nameConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Min mean cross sectional radii gyration (nm)Min mean cross sectional radii gyration esd (nm)Num. of time framesProtein lengthSource classSource type温度 (K)
x-ray1140 MM NACL, 10 MM TRIS.HCL0.25-1.00MULTICCDFRELON CCD CAMERA10.340.361.510.21030YESRF BEAMLINE ID02288
modelling2

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解析

ソフトウェア名称: INSIGHT / バージョン: II 98 / 分類: 精密化
精密化詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 0 0 0 1326
Soln scatter modelNum. of conformers submitted: 1 / Software author list: MSI / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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