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- PDB-1vzm: OSTEOCALCIN FROM FISH ARGYROSOMUS REGIUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vzm
タイトルOSTEOCALCIN FROM FISH ARGYROSOMUS REGIUS
要素OSTEOCALCIN
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN / OSTEOCALCIN / BONE GLA PROTEIN / BGP / HYDROXYAPATITE / GAMMA CARBOXYL GLUTAMIC ACID / VITAMIN K / BONE / MINERALIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


response to vitamin K / regulation of bone mineralization / bone mineralization / regulation of cellular response to insulin stimulus / bone development / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Osteocalcin/matrix Gla protein / Osteocalcin / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ARGYROSOMUS REGIUS (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Frazao, C. / Simes, D.C. / Coelho, R. / Alves, D. / Williamson, M.K. / Price, P.A. / Cancela, M.L. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural Evidence of a Fourth Gla Residue in Fish Osteocalcin: Biological Implications
著者: Frazao, C. / Simes, D.C. / Coelho, R. / Alves, D. / Williamson, M.K. / Price, P.A. / Cancela, M.L. / Carrondo, M.A.
#1: ジャーナル: J.Bone Miner.Res. / 年: 2003
タイトル: Purification of Matrix Gla Protein from a Marine Teleost Fish, Argyrosomus Regius: Calcified Cartilage and not Bone as the Primary Site of Mgp Accumulation in Fish
著者: Simes, D.C. / Williamson, M.K. / Ortiz-Delgado, J.B. / Viegas, C.S. / Price, P.A. / Cancela, M.L.
履歴
登録2004年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OSTEOCALCIN
B: OSTEOCALCIN
C: OSTEOCALCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,33411
ポリマ－15,1403
非ポリマー1948
水3,441191
1
A: OSTEOCALCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0712
ポリマ－5,0471
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: OSTEOCALCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1194
ポリマ－5,0471
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: OSTEOCALCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1445
ポリマ－5,0471
非ポリマー974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.700, 48.700, 119.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.45312, -0.55241, 0.69966), (0.61561, -0.37375, -0.69378), (0.64475, 0.74509, 0.17071)23.09228, 52.35415, -18.95822
2given(0.07091, -0.73113, -0.67855), (-0.09366, -0.68213, 0.7252), (-0.99308, 0.01213, -0.11685)39.59732, 49.27197, 4.66851

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要素

#1: タンパク質・ペプチド OSTEOCALCIN


分子量: 5046.506 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ARGYROSOMUS REGIUS (魚類) / 参照: UniProt: Q800Y1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 294 K / pH: 8.5
詳細: DROPS OF 1.5 MICRO-L OF PROTEIN SOLUTION, 10 MG/ML OSTEOCALCIN, 5 MM CACL2 AND 30 MM TRIS-HCL PH = 8, PLUS 1.5 MICRO-L OF WELL SOLUTION, MGCL2 0.2M, 30% PEG 4K AND TRIS-HCL 0.1M PH = 8.5, ...詳細: DROPS OF 1.5 MICRO-L OF PROTEIN SOLUTION, 10 MG/ML OSTEOCALCIN, 5 MM CACL2 AND 30 MM TRIS-HCL PH = 8, PLUS 1.5 MICRO-L OF WELL SOLUTION, MGCL2 0.2M, 30% PEG 4K AND TRIS-HCL 0.1M PH = 8.5, WERE EQUILIBRATED AGAINST 500 ML OF WELL SOLUTION AT 21DEGREES C OVER 2-3 WEEKS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→39.75 Å / Num. obs: 32430 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 22.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.4→39.75 Å / Num. parameters: 11214 / Num. restraintsaints: 13702 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: EQUIVALENT BOND DISTANCES BETWEEN MAGNESIUM AND WATER-OXYGENS OR CARBOXYLATE-OXYGENS, WERE RESTRAINED TO CORRESPONDING AVERAGE DISTANCES, WITHOUT SPECIFIC TARGET VALUES 17 RESIDUES WERE ...詳細: EQUIVALENT BOND DISTANCES BETWEEN MAGNESIUM AND WATER-OXYGENS OR CARBOXYLATE-OXYGENS, WERE RESTRAINED TO CORRESPONDING AVERAGE DISTANCES, WITHOUT SPECIFIC TARGET VALUES 17 RESIDUES WERE MODELED WITH ALTERNATING SIDE-CHAINS, AND 5 RESIDUES HAVE THEIR SIDE-CHAINS NOT TOTALLY INSIDE 1 SIGMA (0.07 ELECTRONS/A**3) ELECTRON DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 893 2.8 %SHELLS
all0.1916 32406 --
obs0.1916 -98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 11 / Occupancy sum hydrogen: 811 / Occupancy sum non hydrogen: 1193.75
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→39.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数996 0 8 191 1195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0243
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.058
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.083
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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