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万見
- PDB-1vz8: Ornithine Acetyltransferase (ORF6 Gene Product - Clavulanic Acid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vz8
タイトルOrnithine Acetyltransferase (ORF6 Gene Product - Clavulanic Acid Biosynthesis) from Streptomyces clavuligerus (SeMet structure)
要素ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ORNITHINE ACETYLTRANSFERASE / CLAVULANIC ACID / N-ACETYL- ORNITHINE / N-ACETYL-GLUTAMATE / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine N-acyltransferase activity / glutamate N-acetyltransferase / L-glutamate N-acetyltransferase activity, acting on acetyl-L-ornithine as donor / ornithine biosynthetic process / amino-acid N-acetyltransferase / clavulanic acid biosynthetic process / L-glutamate N-acetyltransferase activity / L-arginine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ArgJ beta chain, C-terminal domain / Arginine biosynthesis protein ArgJ / ArgJ beta chain, C-terminal domain / ArgJ family / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / ArgJ-like domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / 4-Layer Sandwich / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate N-acetyltransferase Oat2 / Arginine biosynthesis bifunctional protein ArgJ 3
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Kershaw, N.J. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005
タイトル: X-Ray Crystal Structure of Ornithine Acetyltransferase from the Clavulanic Acid Biosynthesis Gene Cluster.
著者: Elkins, J.M. / Kershaw, N.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2004年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
B: ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
C: ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
D: ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,69110
ポリマ－168,1154
非ポリマー5766
水77543
1
A: ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
B: ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4426
ポリマ－84,0582
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
D: ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2504
ポリマ－84,0582
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.792, 180.194, 73.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99997, -0.00815, 0.00094), (0.0082, -0.99546, 0.09481), (0.00017, 0.09482, 0.99549)57.38302, 2.1122, -0.07507
2given(0.99996, 0.00794, -0.0038), (-0.00827, 0.99556, -0.09374), (0.00303, 0.09377, 0.99559)0.87747, -6.54977, -36.80755
3given(-0.99974, -0.02144, -0.00757), (0.02133, -0.99968, 0.01364), (-0.00786, 0.01347, 0.99988)58.44386, -5.54532, -36.41934

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要素

#1: タンパク質
ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE


分子量: 42028.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONINE-SUBSTITUTED
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 180 AND 181, DUE TO THE AUTO-PROTEOLYTIC SELF- ...THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 180 AND 181, DUE TO THE AUTO-PROTEOLYTIC SELF-ACTIVATION OF THE ENZYME
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN AT 12MG/ML MIXED 1:1 WITH A SOLUTION OF: 1.2M (NH4)2SO4, 40MM NH4H2PO4, 0.1M TRIS PH 8.0, 6% GLYCEROL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.89
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→20.5 Å / Num. obs: 40839 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.75→23.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1847476.3 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 2047 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 40847 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.380215 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.73 Å20 Å2-1.02 Å2
2---10.1 Å20 Å2
3----3.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→23.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10778 0 30 43 10851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.582.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 336 4.9 %
Rwork0.277 6452 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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