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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vz7 | ||||||
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タイトル | Ornithine Acetyltransferase (ORF6 Gene Product - Clavulanic Acid Biosynthesis) from Streptomyces clavuligerus | ||||||
要素 | ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ORNITHINE ACETYLTRANSFERASE / CLAVULANIC ACID / N-ACETYL- ORNITHINE / N-ACETYL-GLUTAMATE / ANTIBIOTIC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate N-acetyltransferase / glutamate N-acetyltransferase activity / ornithine biosynthetic process / L-methionine N-acyltransferase activity / amino-acid N-acetyltransferase / L-glutamate N-acetyltransferase activity / clavulanic acid biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Elkins, J.M. / Kershaw, N.J. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005 タイトル: X-Ray Crystal Structure of Ornithine Acetyltransferase from the Clavulanic Acid Biosynthesis Gene Cluster. 著者: Elkins, J.M. / Kershaw, N.J. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vz7.cif.gz | 247.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vz7.ent.gz | 201.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vz7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vz7_validation.pdf.gz | 476.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vz7_full_validation.pdf.gz | 547.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vz7_validation.xml.gz | 59.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vz7_validation.cif.gz | 80.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vz7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41653.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / 構成要素の詳細 | THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 180 AND 181, DUE TO THE AUTO-PROTEOLYTIC SELF- ...THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 180 AND 181, DUE TO THE AUTO-PROTEOLYTI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 % |
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結晶化 | pH: 8 詳細: PROTEIN AT 12MG/ML MIXED 1:1 WITH A SOLUTION OF: 1.2M (NH4)2SO4, 40MM NH4H2PO4, 0.1M TRIS PH 8.0, 6% GLYCEROL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→67.42 Å / Num. obs: 29519 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→67.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1804946.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.1098 Å2 / ksol: 0.357153 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→67.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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