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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vz6 | ||||||
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タイトル | Ornithine Acetyltransferase (ORF6 Gene Product - Clavulanic Acid Biosynthesis) from Streptomyces clavuligerus | ||||||
要素 | ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ORNITHINE ACETYLTRANSFERASE / CLAVULANIC ACID / N-ACETYL-ORNITHINE / N-ACETYL-GLUTAMATE / ANTIBIOTIC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate N-acetyltransferase / glutamate N-acetyltransferase activity / ornithine biosynthetic process / methione N-acyltransferase activity / amino-acid N-acetyltransferase / clavulanic acid biosynthetic process / acetyl-CoA:L-glutamate N-acetyltransferase activity / arginine biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Elkins, J.M. / Kershaw, N.J. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005 タイトル: X-Ray Crystal Structure of Ornithine Acetyltransferase from the Clavulanic Acid Biosynthesis Gene Cluster. 著者: Elkins, J.M. / Kershaw, N.J. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vz6.cif.gz | 143.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vz6.ent.gz | 113.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vz6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vz6_validation.pdf.gz | 449.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vz6_full_validation.pdf.gz | 460.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vz6_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vz6_validation.cif.gz | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vz6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.00308, -0.00028), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41653.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 180 AND 181, DUE TO THE AUTO-PROTEOLYTIC SELF- ...THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 180 AND 181, DUE TO THE AUTO-PROTEOLYTI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | pH: 8 詳細: PROTEIN AT 12MG/ML MIXED 1:1 WITH A SOLUTION OF: 1.2M (NH4)2SO4, 40MM NH4H2PO4, 0.1M TRIS PH 8.0, 6% GLYCEROL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→32.11 Å / Num. obs: 29114 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→32.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1769009.77 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.37743 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→32.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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