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万見
- PDB-1vyi: Structure of the c-terminal domain of the polymerase cofactor of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyi
タイトルStructure of the c-terminal domain of the polymerase cofactor of rabies virus: insights in function and evolution.
要素RNA POLYMERASE ALPHA SUBUNIT
キーワードTRANSFERASE / RABIES VIRUS / REPLICATION / TRANSCRIPTION / POLYMERASE / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / molecular condensate scaffold activity / virion component / host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm ...microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / molecular condensate scaffold activity / virion component / host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase activity / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, C-terminal domain / Phosphoprotein / Phosphoprotein, C-terminal / : / Phosphoprotein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rabies virus CVS-11 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mavrakis, M. / McCarthy, A.A. / Roche, S. / Blondel, D. / Ruigrok, R.W.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure and Function of the C-Terminal Domain of the Polymerase Cofactor of Rabies Virus
著者: Mavrakis, M. / Mccarthy, A.A. / Roche, S. / Blondel, D. / Ruigrok, R.W.H.
履歴
登録2004年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_biol
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA POLYMERASE ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1736
ポリマ－12,7121
非ポリマー4605
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.300, 44.400, 106.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 RNA POLYMERASE ALPHA SUBUNIT / PHOSPHOPROTEIN / NONSTRUCTURAL PROTEIN / M1


分子量: 12712.466 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 186-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rabies virus CVS-11 / プラスミド: ACNPVM1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P22363, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS PROTEIN IS PROBABLY A COMPONENT OF THE ACTIVE POLYMERASE AND MAY FUNCTION IN TEMPLATE BINDING. ...THIS PROTEIN IS PROBABLY A COMPONENT OF THE ACTIVE POLYMERASE AND MAY FUNCTION IN TEMPLATE BINDING. CATALYTIC ACTIVITY: N NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE = N DIPHOSPHATE + {RNA}(N).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 0.2M (NH4)2SO4 0.1M BIS-TRIS, PH=5.5, 25% (W/V) PEG3350, pH 5.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 19783 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE/RESOLVE位相決定
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→30 Å / SU B: 1.045 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 1017 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.174 18941 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.892 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.2 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数886 0 30 119 1035

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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