PDB-1vty: Crystal structure of a Z-DNA fragment containing thymine/2-aminoa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vty

タイトル

Crystal structure of a Z-DNA fragment containing thymine/2-aminoadenine base pairs

要素

DNA (5'-D(*CP*(NH2)AP*CP*GP*TP*G)-3')

キーワード

DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED

機能・相同性

AMINO GROUP / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Coll, M. / Wang, A.H.-J. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A.

引用

ジャーナル: J. Biomol. Struct. Dyn. / 年: 1986
タイトル: Crystal structure of a Z-DNA fragment containing thymine/2-aminoadenine base pairs.
著者: Coll, M. / Wang, A.H. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A.

履歴

登録	1988年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vty.cif.gz	20.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vty.ent.gz	12.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vty_validation.pdf.gz	337.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vty_full_validation.pdf.gz	357 KB	表示
XML形式データ	1vty_validation.xml.gz	4.6 KB	表示
CIF形式データ	1vty_validation.cif.gz	5.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	242d-d 6aqw-3 6aqw-2 1xa2-d 6aqx-1 6aqx-2 1d41-d 6aqv-1 6aqw-4 351d-d 3f8o-d 6aqt-3 181d-d 4dwy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*(NH2)AP*CP*GP*TP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*(NH2)AP*CP*GP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

3.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	17.860, 31.040, 44.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CP(NH2)APCPGPTPG)-3') 分子量: 1824.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.66 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE

溶液の組成

ID	濃度	名称	Crystal-ID	詳細	Sol-ID	Volume (Å³)
1	2	WATER	1	3	1	1
2	5	MPD	1	6	1	4
3	8	NA CACODYLATE	1	9	1	7
4	11	MGCL2	1	12	1	10
5	14	WATER	1	15	2	13
6	17	MPD	1	18	2	16

-
データ収集

回折	平均測定温度: 288 K
検出器	タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.3 Å / Num. obs: 3739 / Observed criterion σ(I): 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

最高解像度: 1.3 Å / σ(I): 1.5 /

	R_factor	反射数
obs	0.217	3739

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	240	3	83	326

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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