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万見
- PDB-1vtk: THYMIDINE KINASE FROM HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE 1 IN COMPLEX WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vtk
タイトルTHYMIDINE KINASE FROM HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE 1 IN COMPLEX WITH ADP AND DEOXYTHYMIDINE-MONOPHOSPHATE
要素THYMIDINE KINASEチミジンキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / KEY ENZYME IN THYMIDINE SALVAGE PATHWAY / ADDITIONAL THYMIDYLATE KINASE ACTIVITY / TARGET FOR ANTI-HERPES VIRAL DRUGS
機能・相同性
機能・相同性情報


TMP biosynthetic process / チミジンキナーゼ / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus thymidine kinase / Thymidine kinase from herpesvirus / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / チミジンキナーゼ / チミジンキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Herpes simplex virus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wild, K. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: The structures of thymidine kinase from herpes simplex virus type 1 in complex with substrates and a substrate analogue.
著者: Wild, K. / Bohner, T. / Folkers, G. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type 1
著者: Wild, K. / Bohner, T. / Aubry, A. / Folkers, G. / Schulz, G.E.
#2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1994
タイトル: A Fast Method for Obtaining Highly Pure Recombinant Herpes Simplex Virus Type 1 Thymidine Kinase
著者: Fetzer, J. / Michael, M. / Bohner, T. / Hofbauer, R. / Folkers, G.
履歴
登録1997年4月1日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02024年2月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9553
ポリマ－37,2061
非ポリマー7492
水93752
1
A: THYMIDINE KINASE
ヘテロ分子

A: THYMIDINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9106
ポリマ－74,4112
非ポリマー1,4994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.400, 83.400, 156.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 THYMIDINE KINASE / チミジンキナーゼ


分子量: 37205.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Herpes simplex virus (type 1 / strain F) (ヘルペスウイルス)
属: Simplexvirus / 生物種: Human herpesvirus 1ヘルペスウイルス科 / 株: F / プラスミド: PGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KY 895
参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, チミジンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wild, K., (1995) FEBS Lett., 368, 289.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mMMOPS1drop
20.5 mMEDTA1drop
31.5 mMdithiothreitol1drop
40.05 mMthymidine1drop
520 mg/mlprotain1drop
620-25 mMpotassium phosphate1drop
77.5-10 %PEG80001drop
80.01 %1dropNaN3
940-50 mMpotassium phosphate1reservoir
101 mMdithiothreitol1reservoir
110.05 mMthymidine1reservoir
1215-20 %PEG80001reservoir
130.02 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.9204
検出器日付: 1995年3月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9204 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→10 Å / Num. obs: 12164 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 91.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 28046 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.2 % / Rmerge(I) obs: 0.412

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.75→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1207 9.9 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 12164 89.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 4.8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2391 0 48 52 2491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it5.1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it8.6
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it10.8
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 147 9.5 %
Rwork0.273 1395 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOP19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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