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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vtf | ||||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF 5'-D(*(BRO)CP*GP*(BRO)CP*G)-3' IN COMPLEX WITH PROFLAVINE | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED / DEOXYRIBONUCLEIC ACID | 機能・相同性 | PROFLAVIN / DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Westhof, E. / Hosur, M.V. / Sundaralingam, M. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988 | タイトル: Nonintercalative binding of proflavin to Z-DNA: structure of a complex between d(5BrC-G-5BrC-G) and proflavin. 著者: Westhof, E. / Hosur, M.V. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vtf.cif.gz | 21 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vtf.ent.gz | 11.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vtf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vtf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1349.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-PRL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 手法: liquid diffusion / pH: 7 詳細: ACETONE, SODIUM CACODYLATE, pH 7.00, LIQUID DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 |
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-データ収集
放射光源 | 由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2 Å / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→4.5 Å / σ(F): 4 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→4.5 Å
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