PDB-1vtf: STRUCTURE OF 5'-D(*(BRO)CP*GP*(BRO)CP*G)-3' IN COMPLEX WITH PROFLAVINE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vtf

タイトル

STRUCTURE OF 5'-D(*(BRO)CP*GP*(BRO)CP*G)-3' IN COMPLEX WITH PROFLAVINE

要素

DNA (5'-D(*(BRO)CP*GP*(BRO)CP*G)-3')

キーワード

DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED / DEOXYRIBONUCLEIC ACID

機能・相同性

PROFLAVIN / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Westhof, E. / Hosur, M.V. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: Nonintercalative binding of proflavin to Z-DNA: structure of a complex between d(5BrC-G-5BrC-G) and proflavin.
著者: Westhof, E. / Hosur, M.V. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	1988年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vtf.cif.gz	21 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vtf.ent.gz	11.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vtf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vtf_validation.pdf.gz	342.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vtf_full_validation.pdf.gz	397.9 KB	表示
XML形式データ	1vtf_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	1vtf_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vtf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1hhc-2 1w7z-2 1aa5-d 1fu3-d 5wov-d 1wo6-d 2cco-d 2lwb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*(BRO)CP*GP*(BRO)CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*(BRO)CP*GP*(BRO)CP*G)-3')

ヘテロ分子

3.95 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	17.900, 17.900, 44.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: DNA鎖	DNA (5'-D((BRO)CPGP(BRO)CPG)-3') 分子量: 1349.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-PRL / PROFLAVIN 分子量: 209.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁N₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化

手法: liquid diffusion / pH: 7
詳細: ACETONE, SODIUM CACODYLATE, pH 7.00, LIQUID DIFFUSION

溶液の組成

ID	濃度	名称	Crystal-ID	詳細	Sol-ID	Volume (Å³)
1	2	WATER	1	3	1	1
2	5	ACETONE	1	6	1	4
3	8	SODIUM CACODYLATE	1	9	1	7

-
データ収集

放射光源	由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2 Å / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2→4.5 Å / σ(F): 4 /

	R_factor	反射数
obs	0.269	474

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→4.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	162	96	1	259

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)