+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vsi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH CA(II) COFACTOR | ||||||
![]() | INTEGRASE | ||||||
![]() | ENDONUCLEASE / HYDROLASE / ENDORIBONUCLEASE / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bujacz, G. / Alexandratos, J. / Wlodawer, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity. 著者: Bujacz, G. / Alexandratos, J. / Wlodawer, A. / Merkel, G. / Andrake, M. / Katz, R.A. / Skalka, A.M. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM RELEASED PDB ENTRY 1VSF | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM RELEASED PDB ENTRY 1VSF |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 31.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THE BIOLOGICALLY ACTIVE MOLECULE IS A DIMER. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16767.285 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Alpharetrovirus / 生物種: Rous sarcoma virus / 株: Schmidt-Ruppin 解説: ORIGINAL VIRAL DNA CLONE\: JU ET AL., J. VIROL. 33\:1026-1033 (1980), ORIGINAL EXPRESSION CLONE TERRY ET AL., J. VIROL. 62\:2358-2365 (1988), EXPRESSION プラスミド: PRC23IN(52-207) / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-EPE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | ALA 101, VIRAL STRAIN DIFFERENCES LYS 166, VIRAL STRAIN DIFFERENCES REFERENCE: THE APPARENT ...ALA 101, VIRAL STRAIN DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM CACL2. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 9230 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 92.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ISOSTRUCTURAL TO PDB ENTRY 1VSF / 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |