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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vru | ||||||
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タイトル | HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF HIV-1 RT FROM FOUR RT-INHIBITOR COMPLEXES | ||||||
![]() | (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2 | ||||||
![]() | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, J. / Esnouf, R. / Garman, E. / Somers, D. / Ross, C. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, Y. / Stuart, D. / Stammers, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High resolution structures of HIV-1 RT from four RT-inhibitor complexes. 著者: Ren, J. / Esnouf, R. / Garman, E. / Somers, D. / Ross, C. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, Y. / Stuart, D. #1: ![]() タイトル: Mechanism of Inhibition of HIV-1 Reverse Transcriptase by Non-Nucleoside Inhibitors 著者: Esnouf, R. / Ren, J. / Ross, C. / Jones, Y. / Stammers, D. / Stuart, D. #2: ![]() タイトル: Crystals of HIV-1 Reverse Transcriptase Diffracting to 2.2 Angstrom Resolution 著者: Stammers, D.K. / Somers, D. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Ray, P.H. / Wilson, J.E. / Norman, M. / Ren, J.S. / Esnouf, R.M. / Garman, E.F. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 226 / 2: CIS PROLINE - PRO A 421 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64594.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 細胞株: 293 / 遺伝子: HIV-1 POL / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 POL / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51399.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: HXB2 ISOLATE / 細胞株: 293 / 遺伝子: HIV-1 POL / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 POL / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-AAP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD | |||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: BAS-III / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 38354 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 5.71 % / Rmerge(I) obs: 0.128 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 218842 / Rmerge(I) obs: 0.128 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 60.7 % / Num. unique obs: 3050 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→25 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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